Dies ist die Linux-App namens Pontos, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als Pontos-3.0.jar heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens Pontos herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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Pontos soll online unter Linux laufen
BESCHREIBUNG
Pontos ist ein benutzerfreundliches, grafisches Java-Programm zur Berechnung unkorrigierter Distanz- (oder Ähnlichkeits-)Matrizen aus DNA-Sequenz-Alignments im PHYLIP-Format. Es entstehen auch „Unterschiede“ zu den regulären Ausrichtungen (und umgekehrt).Es kann auf unterschiedliche Weise mit Lücken und Unklarheiten umgehen.
Lücken können sein:
- alles gebraucht;
- alles ignoriert;
- wird nur am Ende der Sequenzen paarweise ignoriert;
– wird nur an den Enden ignoriert, jetzt jedoch global (wodurch die gesamte Ausrichtung auf die am weitesten von den Enden entfernten Sequenzen gekürzt wird).
Mehrdeutigkeiten (Dinge wie R, Y, N, W usw. in einer DNA-Sequenz) können wie folgt behandelt werden:
- Unklarheiten als immer anders betrachten;
- Mehrdeutigkeit als teilweise unterschiedlich betrachten (z. B. würde sich R um 0.5 von A oder G unterscheiden);
- Unklarheiten bei jedem paarweisen Vergleich ignorieren;
- Entfernen Sie global alle Spalten, die Unklarheiten aufweisen.
Pontos wurde unter Linux geschrieben, sollte aber auf jedem System laufen, auf dem Java funktioniert. Pontos ist unter der GPL Version 3 lizenziert.
Publikum
Wissenschaft/Forschung, Endbenutzer/Desktop
Benutzeroberfläche
Java-Schaukel
Programmiersprache
Javac
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/pontos/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
