Dies ist die Linux-App namens WellMeth, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als wellmeth-1.0.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens WellMeth herunter und führen Sie sie online aus, um sie mit OnWorks kostenlos unter Linux online auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
WellMeth läuft unter Linux online
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BESCHREIBUNG
WellMeth ist ein integriertes Framework für die Bisulfit-Seq-Analyse mit reduzierter DarstellungEigenschaften
- Erweitert den Genotyping by Sequencing (GBS)-Ansatz zum Nachweis von methylierten Cytosinen in genomischer DNA
- Ist auf die Verfügbarkeit hochwertiger Referenzgenome angewiesen und für den Bibliotheksaufbau wird ein doppelter Restriktionsverdau mit zwei methylierungsunempfindlichen Enzymen empfohlen
- Für die Paired-End-Short-Read-Sequenzierung werden asymmetrische Vorwärts- und Rückwärtsadapter mit 4 bis 6 nt langen Barcodes und einer festen Anzahl von zufälligen Nukleotiden (Unique Molecular Identifiers, UMIs) neben den Barcodes angebracht
- UMI-Informationen werden für die Identifizierung von PCR-Duplikaten nach dem Alignment verwendet
- Besteht aus vier sich überlagernden Modulen: Preprocessing, Mapping, Methylierungsvariantenerkennung und Differentielle Methylierung
- Module sind durch anpassbare Wrapper-Skripte miteinander verbunden, die eine vollautomatische Ausführung ermöglichen
- Schnell, genau und leicht
Benutzeroberfläche
Konsole/Terminal
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/wellmeth/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
