Dies ist die Windows-App mit dem Namen CRISPR-offinder-v1-2, deren neueste Version als CRISPR-offinder-1.2.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens CRISPR-offinder-v1-2 kostenlos mit OnWorks herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
SCREENSHOTS
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CRISPR-offinder-v1-2
BESCHREIBUNG
Das CRISPR/Cas-System birgt zweifellos großes Potenzial für die Genombearbeitung. Die Spaltung der Zielstelle durch die CRISPR-Technologie erfordert ein Protospacer-Adjacent-Motiv (PAM) unmittelbar stromabwärts oder stromaufwärts des Protospacer-Elements, an das die sgRNA bindet. Allerdings erkennt Cas9 aus verschiedenen Bakterienarten oder -varianten unterschiedliche PAM-Sequenzen. Um den Anforderungen verschiedener CRISPR-Systeme mit spezifischem und effizientem sgRNA-Design gerecht zu werden, wurde CRISPR-offinder entwickelt.
Anhand einer FASTA-Eingabedatei der Zielstandorte und Abfragen des Referenzgenoms sowie eines CRISPR-Systems mit einer definierten Spacerlänge und PAM-Sequenz identifiziert dieses eigenständige Tool mutmaßliche Standorte und weist eine vorhergesagte Aktivität basierend auf dem von durchgeführten Support-Vektor-Maschinenmodell zu sgRNA Scorer 2.0. Darüber hinaus wurden sgRNAs mit minimaler Off-Target-Aktivität von Cas-OFFinder vorhergesagt und mit Off-Target Cutting Frequency Determination (CFD) bewertet.
Eigenschaften
- CRISPR-offinder kann dem Laborbiologen ein Werkzeug zur schnellen und effizienten Identifizierung hochwertiger Zielstandorte an die Hand geben
- Mit dieser Software können sgRNA-Bibliotheken für jede Art entworfen werden
- Zhao et al., (2017)CRISPR-offinder: ein CRISPR-Leit-RNA-Design und Off-Target-Suchwerkzeug für benutzerdefinierte Protospacer-Nachbarmotive. Internationale Zeitschrift für Biowissenschaften
Programmiersprache
Perl
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/crispr-offinder-v1-2/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
