alimask - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

alimask: agrega una línea de máscara a una alineación de secuencia múltiple

SINOPSIS

alimascarilla [opciones]

DESCRIPCIÓN

alimascarilla se utiliza para aplicar una línea de máscara a una alineación de secuencia múltiple, según se proporciona
alineación o coordenadas del modelo. Cuando hmmconstruir recibe una alineación enmascarada como entrada,
produce un modelo de perfil en el que se establecen las probabilidades de emisión en posiciones enmascaradas
para que coincida con la frecuencia de fondo, en lugar de establecerse en función de las frecuencias observadas en
la alineación. Las tasas de inserción y eliminación específicas de la posición no se modifican, incluso en
regiones enmascaradas. alimascarilla detecta automáticamente el formato de entrada y produce alineaciones enmascaradas en
Formato de Estocolmo. puede contener solo una secuencia de alineación.

Una motivación común para enmascarar una región en una alineación es que la región contiene un
repetición en tándem simple que se observa que causa una tasa inaceptablemente alta de falsos positivos
golpes.

En el caso más simple, se da un rango de máscara en coordenadas relativas a la entrada
alineación, usando --alirange . Sin embargo, es más frecuente que la región a ser
enmascarado se ha identificado en coordenadas relativas al modelo de perfil (por ejemplo, basado en
reconocer un patrón de repetición simple en alineaciones de falso golpe o en el logotipo de HMM). No todo
Las columnas de alineación se convierten para coincidir con las posiciones de estado en el perfil (consulte la --symfrac
bandera para hmmconstruir para discusión), por lo que las posiciones del modelo no necesariamente coinciden con
posiciones de la columna de alineación. Para eliminar la carga de convertir las posiciones del modelo a
posiciones de alineación, alimascarilla también acepta la entrada de rango de máscara en las coordenadas del modelo,
usando --modelorange . Al usar esta bandera, alimascarilla determina qué alineación
las posiciones serían identificadas por hmmconstruir como indica la coincidencia, un proceso que requiere que
todos hmmconstruir las banderas que afecten a esa decisión se suministren a alimascarilla. Es por esta razon
que muchos de los hmmconstruir banderas también son utilizadas por alimascarilla.

CAMPUS

-h Ayudar; imprima un breve recordatorio del uso de la línea de comandos y todas las opciones disponibles.

-o Dirija la salida resumida al archivo , en lugar de stdout.

CAMPUS PARA ESPECIFICANDO MÁSCARA GAMA

Un solo rango de máscara se da como un par separado por guiones, como --modelorange 10 - 20 y
se pueden enviar varios rangos como una lista separada por comas, --modelorange 10-20,30-42.

--modelorange
Proporcione los rangos dados en coordenadas del modelo.

--alirange
Proporcione los rangos dados en coordenadas de alineación.

--apendmask
Agregue a la máscara existente que se encuentra con la alineación. El valor predeterminado es sobrescribir cualquier
máscara existente.

--model2ali
En lugar de producir la alineación enmascarada, simplemente imprima la (s) gama (s) del modelo
correspondiente a la (s) gama (s) de alineación de entrada.

--ali2modelo
En lugar de producir la alineación enmascarada, simplemente imprima los rangos de alineación
correspondiente a la (s) gama (s) del modelo de entrada.

CAMPUS PARA ESPECIFICANDO EL REINO UNIDO ALFABETO

El tipo de alfabeto (amino, ADN o ARN) se detecta automáticamente de forma predeterminada, mirando el
composición de la archivo msa. La autodetección es normalmente bastante confiable, pero ocasionalmente
El tipo de alfabeto puede ser ambiguo y la autodetección puede fallar (por ejemplo, en juguetes pequeños
alineaciones de unos pocos residuos). Para evitar esto, o para aumentar la robustez en automatizado
canalizaciones de análisis, puede especificar el tipo de alfabeto de archivo msa con estas opciones.

--aminado
Especifique que todas las secuencias en archivo msa son proteínas.

- adn Especifique que todas las secuencias en archivo msa son ADN.

--rna Especifique que todas las secuencias en archivo msa son ARN.

CAMPUS CONTROLADOR PERFIL CONSTRUCCIÓN

Estas opciones controlan cómo se definen las columnas de consenso en una alineación.

--rápido Definir columnas de consenso como aquellas que tienen una fracción> = Symfrac de residuos como
opuesto a las lagunas. (Vea a continuación para --symfrac opción.) Este es el predeterminado.

--mano Defina las columnas de consenso en el siguiente perfil utilizando la anotación de referencia al múltiplo
alineación. Esto le permite definir las columnas de consenso que desee.

--symfrac
Definir el umbral de fracción de residuo necesario para definir una columna de consenso cuando
usando el --rápido opción. El valor predeterminado es 0.5. La fracción de símbolo en cada columna es
calculado después de tener en cuenta la ponderación relativa de la secuencia e ignorar la brecha
caracteres correspondientes a los extremos de los fragmentos de secuencia (a diferencia de los
inserciones / eliminaciones). Establecer esto en 0.0 significa que cada columna de alineación
asignarse como consenso, lo que puede ser útil en algunos casos. Poniéndolo en 1.0
significa que solo las columnas que incluyen 0 espacios (inserciones / eliminaciones internas) serán
asignado como consenso.

--fragmentar
Solo queremos contar los huecos terminales como eliminaciones si se conoce la secuencia alineada
ser de longitud completa, no si es un fragmento (por ejemplo, porque solo una parte
fue secuenciado). HMMER usa una regla simple para inferir fragmentos: si la longitud de la secuencia
L es menor o igual a una fracción veces la longitud de la alineación en columnas,
luego, la secuencia se maneja como un fragmento. El valor predeterminado es 0.5. Configuración
--fragmentar0 definirá ninguna secuencia (no vacía) como un fragmento; tu podrías querer
Haga esto si sabe que tiene una alineación cuidadosamente seleccionada de
secuencias. Configuración --fragmentar1 definirá todas las secuencias como fragmentos; podrías
quiere hacer esto si sabe que su alineación está compuesta enteramente por fragmentos, como
como lecturas cortas traducidas en datos de escopeta metagenómica.

CAMPUS CONTROLADOR RELATIVO PESAS

HMMER utiliza un algoritmo de ponderación de secuencia ad hoc para reducir el peso de secuencias estrechamente relacionadas
y los parientes lejanos con sobrepeso. Esto tiene el efecto de hacer que los modelos estén menos sesgados por
representación filogenética desigual. Por ejemplo, dos secuencias idénticas normalmente
cada uno recibe la mitad del peso que recibiría una secuencia. Estas opciones controlan qué
se utiliza el algoritmo.

--wpb Utilice el esquema de ponderación de secuencia basado en la posición de Henikoff [Henikoff y Henikoff,
J. Mol. Biol. 243: 574, 1994]. Este es el predeterminado.

--wgsc Utilice el algoritmo de ponderación de Gerstein / Sonnhammer / Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
Biol. 235: 1067, 1994].

--wblosum
Utilice el mismo esquema de agrupamiento que se utilizó para ponderar los datos al calcular BLOSUM
matrices de sustitución [Henikoff y Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci 89: 10915, 1992].
Las secuencias se agrupan en un solo enlace en un umbral de identidad (predeterminado 0.62; consulte
--ancho) y dentro de cada grupo de secuencias c, cada secuencia obtiene un peso relativo
1 / c.

--uno
Sin pesos relativos. A todas las secuencias se les asigna un peso uniforme.

--ancho
Establece el umbral de identidad utilizado por la agrupación en clústeres de enlace único cuando se utiliza --wblosum.
No válido con cualquier otro esquema de ponderación. El valor predeterminado es 0.62.

OTROS CAMPUS

--informato
Declare que la entrada archivo msa está en formato . Actualmente el múltiplo aceptado
Los formatos de archivo de secuencia de alineación incluyen Stockholm, Aligned FASTA, Clustal, NCBI
PSI-BLAST, PHYLIP, Selex y UCSC SAM A2M. El valor predeterminado es detectar automáticamente el formato de
el archivo.

--semilla
Siembra el generador de números aleatorios con , un número entero> = 0. Si es distinto de cero, cualquiera
las simulaciones estocásticas serán reproducibles; el mismo comando dará lo mismo
resultados. Si es 0, el generador de números aleatorios se siembra arbitrariamente y
Las simulaciones estocásticas variarán de una ejecución a otra del mismo comando. El valor por defecto
la semilla es 42.

Utilice alimask en línea utilizando los servicios de onworks.net