Este es el comando alter-sequence-align que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
Alterar-secuencia-alineación - secuencias genómicas Alineación Transformación Entorno
SINOPSIS
alterar-secuencia-alineación [opción] [secuencia]
DESCRIPCIÓN
ALTER (Entorno de transformación de alineación) es una herramienta para transformar
entre múltiples formatos de alineación de secuencia. ALTER se centra en el
especificaciones de los programas principales de alineación y análisis en lugar de
sobre la conversión entre formatos más o menos específicos.
OPCIONES
-c (--colapso)
Colapsar secuencias a haplotipos.
-cg (--collapseBrechas)
Trate los huecos como datos faltantes al colapsar.
-cl (--collapseLimit) norte
Límite de conexión (las secuencias que difieran en <= l sitios se contraerán) (el valor predeterminado es
l = 0).
-cm (--collapseFalta)
Cuente los datos faltantes como diferencias al colapsar.
-i (--aporte) EXPEDIENTE
Fichero de entrada.
-I a (--entradaAutodetectar)
Formato de detección automática (se omiten otras opciones de entrada).
-si (--formato de entrada) VALOR
Formato de entrada (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP o PIR).
-yo (--entrada OS) VALOR
Sistema operativo de entrada (Linux, MacOS o Windows)
-ip (--programa de entrada) VALOR
Programa de entrada (Clustal, MAFFT, MUSCLE, PROBCONS o TCoffee).
-o (--producción) EXPEDIENTE
Archivo de salida.
-de (--formato de salida) VALOR
Formato de salida (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP o PIR).
-ol (--salidaLowerCase)
Salida de caja Lowe.
-om (--partida de salida)
Caracteres coincidentes de salida.
-On (--outputResidueNumbers)
Salida de números de residuos (solo formato ALN).
-oo (--salidaOS) VALOR
Sistema operativo de salida (Linux, MacOS o Windows).
-op. (--Programa de salida) VALOR
Programa de salida (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML, ProtTest, RAxML, TCS,
CodABC, BioEdit, MEGA, dnaSP, Se-Al, Mesquite, SplitsTree, Clustal, MAFFT, MUSCLE,
PROBCONS, TCoffee, Gblocks, SeaView, trimAl o GENERAL)
-hueso (--salidasecuencial)
Salida secuencial (solo formatos NEXUS y PHYLIP).
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