Este es el comando bp_revtrans-motifp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bp_revtrans-motif: traducción inversa de un motivo de proteína similar a Profam
VERSIÓN
Versión 0.01
SINOPSIS
De un archivo:
bp_revtrans-motif.pl -i motivos.txt
Usando tuberías:
bp_revtrans-motif.pl <motifs.txt> salida.txt
Utilizando de forma interactiva en el símbolo del sistema:
$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL [VIKP]
1. ATGGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^ P] H (IW) {2,3}
2. NDNCAY (ATHTGG) {2,3}
DESCRIPCIÓN
Esta secuencia de comandos toma un motivo de proteína como entrada y devuelve un oligonucleótido degenerado
secuencia correspondiente. La principal razón para hacer esto es diseñar degenerados
cebadores que amplifican un patrón de secuencia dado.
El motivo de entrada consta de una cadena de residuos de una letra, con cualquiera de los siguientes
elementos sintácticos:
[...] : Posición redundante.
Una posición en la que se permite más de un residuo. Ejemplo:
[TS] YW [RKSD]
^^ ^^^^
[^ ...] : Posición negada.
Una posición en la que se permite cualquier residuo, guardado para aquellos entre paréntesis. Ejemplo:
[^ PW] MK [LAE]
^^
(...){Nuevo Méjico,...} : Motivo repetido.
Un motivo que se repite n or m veces. Puede tener cualquiera de los sintácticos anteriores.
elementos. Ejemplo:
A [SN] C (TXX) {2,4,8}
^^^
Las letras permitidas son las que corresponden a los 20 aminoácidos naturales, más:
segundo = norte + re
Z = Q + E
X = Todo
CAMPUS
-i fichero de entrada:
Un archivo con una lista de motivos para traducir a la inversa.
-h
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