Este es el comando bp_run_protdist.plp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
run_neighbor - ejecuta el programa 'protdist' de Phylip a través de Bioperl
SINOPSIS
run_protdist [-i archivo de entrada] [-o nombre de archivo de salida]
DESCRIPCIÓN
Proporcione un archivo de alineación para ejecutar protdist. El archivo debe llamarse .aln o .phy.
Esto es necesario para que podamos determinar si necesitamos convertir una alineación de clustalw en
phylip. Le invitamos a ampliar el script para que funcione en otros formatos de MSA que bioperl
apoyos. Esto está destinado a ser utilizado en tuberías manuales muy simples.
El archivo de entrada debe tener el formato file.phy o file.aln el programa espera un
archivo en forma de (\ S +) \. (\ S +).
Esto ejecutará la aplicación 'protdist' usando la fórmula 'KIMURA' para construir una proteína
matriz de distancias. Aquellos con phylip3.6 querrán hacer algunos cambios si quieren usar
JTT. Me complace ayudar a agregar esto como un argumento de línea de cmd si se solicita.
Use bp_run_protdist.plp en línea usando los servicios de onworks.net
