cmtk-convertx: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

convertx: convierte entre formatos de archivo de imagen y tipos de datos.

SINOPSIS

convertx [opciones] archivo de salida de archivo

DESCRIPCIÓN

Esta herramienta convierte entre formatos de archivo de imagen y tipos de datos de píxeles. También puede aplicar
operaciones de imágenes simples y de uso general en el proceso. Un número arbitrario de operaciones
se puede especificar en la línea de comando, que se aplicará exactamente en el orden indicado.

CAMPUS

Buscar Kit de herramientas Opciones (estas en compartido by todos CMTK herramientas)
--ayuda
Escriba la lista de opciones básicas de la línea de comandos en la salida estándar.

--ayudar a todo
Escriba una lista completa de opciones de línea de comandos básicas y avanzadas en la salida estándar.

--wiki
Escriba la lista de opciones de la línea de comandos en la salida estándar en el marcado de MediaWiki.

--hombre
Escriba el código fuente de la página man con el marcado 'nroff' en la salida estándar.

--versión
Escriba la versión del kit de herramientas en la salida estándar.

--eco
Escribe la línea de comando actual en la salida estándar.

- nivel de verbo
Establecer el nivel de verbosidad.

--verboso, -v
Incrementar el nivel de verbosidad en 1 (obsoleto; admitido por compatibilidad con versiones anteriores).

--hilos
Establezca el número máximo de subprocesos paralelos (para subprocesos POSIX y OpenMP).

Imagen / Transformación Base de datos
--db
Ruta a la base de datos de imagen / transformación que debe actualizarse con la nueva
imagen. [Defecto: NINGUNO]

Entrada Imagen Controles
--set-relleno
Establecer valor de relleno: se ignorarán todos los píxeles de la imagen de entrada que tengan este valor
en todas las operaciones posteriores.

- relleno de puesta de sol
Valor de relleno no definido: para todas las operaciones posteriores, se tratarán todos los píxeles
según su valor.

--etiquetas
Especifique que los valores de la imagen deben tratarse como etiquetas discretas. Esto resultará
en el código de intención apropiado que se configurará en los archivos de salida en formato NIfTI.

--gris
Especifique que los valores de la imagen deben tratarse como niveles de gris continuos. Esta voluntad
restablecer el código de intención en archivos leídos en formato NIfTI.

Datos Tipo de Propiedad Conversión
--carbonizarse
8 bits, entero con signo

--byte
8 bits, entero sin signo

--pequeño
16 bits, entero con signo

--corto
16 bits, entero sin signo

--En t
Entero de 32 bits con signo

--uint
Entero sin signo de 32 bits

--flotador
Punto flotante de 32 bits

--doble
Punto flotante de 64 bits

Valor Asignaciones
--mapa-valores
Aplicar la función de mapeo a los valores de los píxeles. El mapeo se define como
'VAL0 [, VAL1, ...] [: NEWVAL]' para asignar los valores VAL0, VAL1, etc. al nuevo valor NEWVAL. Si
No se proporciona NEWVAL, los valores se establecen en padding.

--mapa-valores-solamente
Aplique la función de mapeo a los valores de los píxeles y reemplace los píxeles no mapeados con relleno.
Varias de estas reglas de mapeo se pueden concatenar como REGLA0 + REGLA1 [+ ...]; todos
Las reglas concatenadas se aplicarán simultáneamente. El mapeo se define como
'VAL0 [, VAL1, ...] [: NEWVAL]' para asignar los valores VAL0, VAL1, etc. al nuevo valor NEWVAL. Si
No se proporciona NEWVAL, los valores se establecen en padding. Varias de estas reglas de mapeo pueden ser
concatenado como REGLA0 + REGLA1 [+ ...]; se aplicarán todas las reglas concatenadas
simultaneamente.

--remplazo de relleno
Reemplaza los datos de píxeles acolchados con el valor dado.

--reemplazar-inf-nan
Reemplaza todos los píxeles infinitos y no numéricos con el valor dado.

Imagen Flipping
--voltear-x
Voltear (espejo) a lo largo de la dirección x

--flip-y
Voltear (espejo) a lo largo de la dirección y

--flip-z
Voltear (espejo) a lo largo de la dirección z

Imagen Cintas y Umbral
--máscara
Nombre de archivo de máscara binaria: elimine todos los píxeles de la imagen donde la máscara es 0. Píxeles enmascarados
NO se establecerá en cero, sino que se reemplazará con el relleno establecido actualmente
valor. Use '--set-padding 0' antes de '--mask' para forzar el ajuste a cero.

--máscara-inversa
El nombre del archivo de máscara binaria inversa elimina todos los píxeles de la imagen donde la máscara NO es 0. Consulte
también notas sobre el relleno debajo de '--mask' arriba.

--thresh-abajo
Establezca todos los valores por debajo del umbral en el valor umbral.

--thresh-arriba
Establezca todos los valores por encima del umbral en el valor umbral.

--thresh-debajo-del-relleno
Establezca todos los valores por debajo del umbral al valor de relleno.

--thresh-arriba-al-relleno
Establezca todos los valores por encima del umbral al valor de relleno.

--binarizar-trillar
Establezca todos los valores por debajo del umbral en 0, todos los valores iguales o superiores a 1.

--otsu-trilla
Binarice la imagen a 0/1 usando el umbral calculado con el método de Otsu. El argumento es número
de contenedores de histograma para el cálculo del umbral.

--otsu-thresh-nbins
Binarización usando el método de Otsu con un número definido por el usuario de contenedores de histograma para
cálculo de umbral.

- histograma de ciruela
Imagen de umbral por 'poda de histograma de intensidad', es decir, para un argumento dado n
[contenedores de histograma] determinan umbrales tales que la fracción 1 / n-ésima de la más alta y
los vóxeles más bajos tienen un umbral.

--prune-histograma-alto
Como '--prune-histograms', pero solo eliminan las intensidades altas.

--prune-histograma-bajo
Como '--prune-histograms', pero solo elimine las intensidades bajas.

Intensidad Transformaciones
--escala a rango
Escale las intensidades de la imagen para que oscilen entre 'de: a', por ejemplo, '0: 255' antes de la conversión a byte
datos.

--ecualización de histograma
Aplicar ecualización de histograma.

--histograma-ecualización-nbins
Aplicar ecualización de histograma con número de contenedores.

- histogramas de coincidencia
Transforme las intensidades para que coincidan con la distribución en la imagen proporcionada como argumento
para este comando.

--match-mean-sdev
Escale las intensidades para que coincidan con la distribución media y estándar de intensidades en el
imagen proporcionada como argumento para este comando.

Morfológico Operaciones
--revertir
Revertir una máscara binaria, es decir, intercambiar primer plano y fondo.

--erosionar
Operador de erosión morfológica (por píxeles)

--dilatar
Operador de dilatación morfológica (por píxeles)

- distancia de rodado
Operador de erosión morfológica (por distancia). A menudo es preferible para datos anisotrópicos.

--erode-distancia-multilabel
Operador de erosión morfológica (por distancia) para mapas de múltiples etiquetas. El resultado sera
ya sea byte, unsigned short, o unsigned int data, dependiendo del índice de la
etiqueta usada más grande en la entrada.

--distancia de dilatación
Operador de dilatación morfológica (por distancia). A menudo preferible para anisotrópicos
datos.

- componentes-conectados
Cree un mapa de componentes conectados con regiones numeradas disminuyendo el tamaño del componente

- mapa de límites
Crear mapa de límites

--mapa-de-límites-múltiples
Crear un mapa de límites de varios valores

- mapa de distancia
Calcule el mapa de distancias euclidianas sin firmar. La imagen de entrada se interpreta como una máscara binaria.

- mapa-de-distancia-firmado
Calcular mapa de distancias euclidianas con signo (interior = negativo, exterior = positivo)

Filtrar Operaciones
--filtro-medio
Filtro de mediana. Esta operación toma el radio del filtro en píxeles como parámetro. A
entero único define el radio del núcleo en las tres dimensiones. Tres comas
los enteros separados definen radios separados para las tres dimensiones.

- filtro de media
Filtro de medias regionales. Esta operación toma el radio del filtro en píxeles como el
parámetro. Un solo entero define el radio del núcleo en las tres dimensiones. Tres
Los enteros separados por comas definen radios separados para las tres dimensiones.

--filtro medio-rápido
Filtro de media regional (implementación de tiempo lineal rápido). Esta operación toma el
filtro de radio en píxeles como parámetro. Un solo entero define el radio del kernel
en las tres dimensiones. Tres enteros separados por comas definen radios separados para el
tres dimensiones.

- filtro de varianza
Filtro de varianza regional. Esta operación toma el radio del filtro en píxeles como el
parámetro. Un solo entero define el radio del núcleo en las tres dimensiones. Tres
Los enteros separados por comas definen radios separados para las tres dimensiones.

--filtro-de-varianza-rápida
Filtro de varianza regional rápido (tiempo lineal). Esta operación toma el radio del filtro
en píxeles como parámetro. Un solo entero define el radio del kernel en los tres
dimensiones. Tres enteros separados por comas definen radios separados para los tres
dimensiones.

- filtro de tercer momento
Filtro regional de tercer momento. Esta operación toma el radio del filtro en píxeles como el
parámetro. Un solo entero define el radio del núcleo en las tres dimensiones. Tres
Los enteros separados por comas definen radios separados para las tres dimensiones.

- filtro de desviación estándar
Filtro de desviación estándar regional. Esta operación toma el radio del filtro en píxeles.
como parámetro. Un solo entero define el radio del núcleo en las tres dimensiones.
Tres números enteros separados por comas definen radios separados para las tres dimensiones.

- filtro de suavidad
Filtro de 'suavidad' regional. Esta operación toma el radio del filtro en píxeles como el
parámetro. Un solo entero define el radio del núcleo en las tres dimensiones. Tres
Los enteros separados por comas definen radios separados para las tres dimensiones.

--filtro-gaussiano-sigma
Filtrar imagen con kernel gaussiano. Esta operación toma un solo valor real
parámetro, que especifica el coeficiente sigma del kernel en unidades mundiales [por ejemplo, mm] como
El parámetro.

- filtro-gaussiano-fwhm
Filtrar imagen con kernel gaussiano. Esta operación toma un solo valor real
parámetro, que especifica el ancho completo del kernel a la mitad del máximo en unidades mundiales
[por ejemplo, mm].

--laplace-filtro
Filtrar imagen con kernel laplaciano que mejora los bordes.

Cuadrícula Operaciones
--downnsample-select
Disminuya la resolución de la imagen por selección de píxel usando factores por eje 'Fx, Fy, Fz' o usando un solo
factor 'Fxyz'

--promedio de muestra inferior
Disminuya la resolución de la imagen promediando usando factores por eje 'Fx, Fy, Fz' o usando un solo
factor 'Fxyz'

--ejemplo
Vuelva a muestrear la imagen a píxeles casi isotrópicos mientras se conserva el campo de visión de la imagen.
Toma un argumento, la resolución objetivo en unidades mundiales [p. Ej., Mm]

--remuestreo-exacto
Vuelva a muestrear la imagen a píxeles exactamente isotrópicos de la resolución dada mientras hace coincidir el
campo de visión de la imagen lo más cerca posible. Toma un argumento, la resolución de destino
en unidades mundiales [p. ej., mm]

--recortar por índice
Recortar la imagen a una región especificada por un conjunto de seis coordenadas de índice de cuadrícula dadas como
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

- cultivo por umbral
Recorta la imagen a la región determinada a través de un umbral dado. La imagen resultante
contienen todos los píxeles más grandes que el parámetro dado.

- recortar por región de escritura de umbral
Recortar la imagen en la región determinada a través de un umbral dado y escribir la región de recorte en
salida estándar.

- recortar por umbral-escritura-xform
Recortar la imagen a la región determinada a través de un umbral dado y escribir el recorte
transformación a salida estándar.

AUTORES

Torsten Rohlfing, con contribuciones de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff y Yaroslav Halchenko

Use cmtk-convertx en línea usando los servicios de onworks.net