cmtk-jidb: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

jidb: corrige el movimiento intercalado mediante el desvanecimiento iterativo conjunto

SINOPSIS

jidb [opciones] inImage outImage

DESCRIPCIÓN

Esta herramienta divide una imagen de entrada intercalada en las imágenes de paso, las registra conjuntamente y
reconstruye una imagen con corrección de movimiento

OPCIONES

Alcance Herramientas (estas están compartido by que todas CMTK herramientas)
--ayuda
Escriba la lista de opciones básicas de la línea de comandos en la salida estándar.

--ayudar a todo
Escriba una lista completa de opciones de línea de comandos básicas y avanzadas en la salida estándar.

--wiki
Escriba la lista de opciones de la línea de comandos en la salida estándar en el marcado de MediaWiki.

--hombre
Escriba el código fuente de la página man con el marcado 'nroff' en la salida estándar.

--versión
Escriba la versión del kit de herramientas en la salida estándar.

--eco
Escribe la línea de comando actual en la salida estándar.

- nivel de verbo
Establecer el nivel de verbosidad.

--verboso, -v
Incrementar el nivel de verbosidad en 1 (obsoleto; admitido por compatibilidad con versiones anteriores).

--hilos
Establezca el número máximo de subprocesos paralelos (para subprocesos POSIX y OpenMP).

Intercalado
- eje de intercalación
Definir eje de intercalación: esta es la dirección de corte transversal de la adquisición.
Valores admitidos: "adivinar desde la entrada", "axial", "sagital", "coronal", "interleave-x",
"interleave-y", "interleave-z", donde el valor predeterminado es "adivinar desde la entrada", o utilice uno
de los siguientes:

--conjetura a partir de la entrada
Adivina a partir de la imagen de entrada [Esta is el defecto]

--axial, -a
Imágenes de axial interleaved

--sagital, -s
Imágenes de interleaved sagittal

--coronal, -c
Imágenes de coronal interleaved

--intercalar-x, -x
Intercalado a lo largo del eje x

--intercalar-y, -y
Intercalado a lo largo del eje y

--intercalar-z, -z
Intercalado a lo largo del eje z

- pasa , -p
Número de pases intercalados [Defecto: 2]

--peso de paso , -W
Establezca el peso de contribución para un pase en la forma 'pase: peso'

Motion Corrección / Registro
--imagen de referencia , -R
Utilice una imagen de referencia de alta resolución separada para el registro [Defecto: NINGUNO]

--registro-metric
Métrica de registro para estimación de movimiento mediante registro de imagen a imagen. Soportado
valores: "nmi", "mi", "cr", "msd", "cc", donde el valor predeterminado es "msd", o utilice uno de los
siguientes:

--nmi
Utilice información mutua normalizada para el registro de paso a referencia

--mi Utilice información mutua estándar para el registro de paso a referencia

--cr Utilice la relación de correlación para el registro de paso a referencia

--msd
Utilice las diferencias cuadradas medias para el registro de paso a referencia [Esta is el
defecto]

--cc Utilice la correlación cruzada para el registro de paso a referencia

--import-xforms-ruta
Ruta del archivo desde el que importar transformaciones entre pasadas. [Defecto: NINGUNO]

--export-xforms-ruta
Ruta del archivo al que exportar las transformaciones entre pasadas. [Defecto: NINGUNO]

Volumen Inyección
--inyección-kernel-sigma , -S
Desviación estándar del kernel gaussiano para inyección de volumen [Defecto: 1]

- radio del núcleo de inyección , -r
Radio de truncamiento del núcleo de inyección [Defecto: 4]

Deblurring
--psf
Kernel para la reconstrucción por interpolación inversa Valores admitidos: "caja",
"gaussiano", o utilice uno de los siguientes:

--caja
PSF en forma de caja

--gaussiano
PSF de forma gaussiana

--escala psf
Establezca el factor de escala global para el tamaño de la función de dispersión de puntos, que a su vez se deriva de
la imagen de entrada. [Defecto: 1]

Optimiza
- error de cuarto orden, -f
Utilice un error de cuarto orden (en lugar de segundo) para la optimización.

--num-iteraciones , -n
Número máximo de iteraciones de interpolación inversa [Defecto: 20]

- sin truncamiento, -T
Desactivar truncatrion de intensidad regional

--l-peso-norma
Establecer el peso de la restricción para la regularización de la norma L de tipo Tikhonov (0 deshabilita la restricción)
[Defecto: 0]

Salida
--escribir-imagen-inyectada
Escriba la imagen de inyección de volumen inicial en la ruta [Defecto: NINGUNO]

--escribir-imágenes-como-flotante, -F
Escribe las imágenes de salida como punto flotante [predeterminado: igual que la entrada]

AUTORES

Torsten Rohlfing, con contribuciones de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff y Yaroslav Halchenko

Use cmtk-jidb en línea usando los servicios de onworks.net