Este es el comando digeste que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
digerir: informes sobre enzimas proteolíticas de proteínas o sitios de escisión de reactivos
SINOPSIS
digerir -seqall Seqall -mwdatos archivo de datos -menú lista -mononucleosis infecciosa booleano -desfavorecido booleano
-burla booleano -terminales lista -superposición booleano -todos parciales booleano
-archivo de salida reporte
digerir -ayuda
DESCRIPCIÓN
digerir es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Protein: Motifs".
CAMPUS
Entrada .
-seqall Seqall
-mwdatos archivo de datos
Datos de peso molecular para aminoácidos Valor predeterminado: Emolwt.dat
Requerido .
-menú lista
Valor predeterminado: 1
-mononucleosis infecciosa booleano
Valor predeterminado: N
Avanzado .
-desfavorecido booleano
Normalmente, la tripsina no se corta después de 'KR' si van seguidas de 'KRIFLP'.
Lys-C normalmente no cortará después de 'K' si va seguido de 'P'. Arg-C no
normalmente se corta después de 'R' si va seguido de 'P'. El bicarbonato V8 normalmente no se corta después
'E' si va seguido de 'KREP'. V8-phosph normalmente no cortará después de 'DE' si
van seguidos de 'P'. La quimotripsina normalmente no se corta después de 'FYWLM' si están
seguido de 'P'. Especificar desfavorecido muestra estos cortes desfavorecidos, así como la
favorecidos.
-burla booleano
Permite la digestión semi-específica y no específica. Esta opción es particularmente útil
para generar listas de secuencias de péptidos para la identificación de proteínas utilizando
espectrometría de masas.
-terminales lista
Valor predeterminado: 1
Salida .
-superposición booleano
Utilizado para digestión parcial. Muestra todos los cortes de los sitios de cortes favoritos más 1..3, 2..4,
3..5, etc. pero no (p. Ej.) 2..5. Las superposiciones son, por tanto, fragmentos con exactamente una
sitio de corte potencial dentro de él.
-todos parciales booleano
En cuanto a la superposición, se incluyen los fragmentos que contienen más de un sitio de corte potencial.
-archivo de salida reporte
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