Este es el comando dsimulator que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
dsimulator: genera lecturas sintéticas para un genoma aleatorio
SINOPSIS
simulador genlen: doble [-cdoble (20.)] [-bdoble (.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-edoble (.15)][-Mpresentar]
DESCRIPCIÓN
simulador primero genera un genoma falso de tamaño Genlen* 1 Mb de largo, que tiene un sesgo AT de
-b. Luego genera lecturas de muestra de longitud media -m desde una longitud logarítmica normal
distribución con desviación estándar -s, pero ignora las lecturas de longitud inferior a -x. Lo
recopila suficientes lecturas para cubrir el genoma -c tiempos y presenta -e errores de fracción en
cada lectura donde la proporción de inserciones, eliminaciones y sustituciones se establece por definido
constantes INS_RATE (predeterminado 73%) y DEL_RATE (predeterminado 20%) dentro de generate.c. Uno puede
También controle la velocidad a la que se seleccionan las lecturas de las hebras de avance y retroceso por
configurando la constante definida FLIP_RATE (por defecto 50/50). los -r opción semillas al azar
generador de números para la generación del genoma de modo que se pueda generar de forma reproducible
el mismo genoma subyacente para tomar muestras. Si falta este parámetro, entonces el ID del trabajo
de la invocación siembra el generador de números aleatorios. La salida se envía al estándar
salida (es decir, es una tubería UNIX). La salida está en formato Pacbio .fasta adecuado como entrada
a fasta2db(1). Finalmente, el -M La opción solicita que las coordenadas desde las que cada uno lee
muestreados se escriben en el archivo indicado, una línea por lectura, codificado en ASCII.
Este archivo de "mapa" esencialmente le dice a uno dónde pertenece cada lectura en un ensamblaje y es muy
útil para depurar y realizar pruebas. Si un par de lectura es b, e entonces si b <e el
leído fue muestreado de [b, e] en la dirección de avance, y si b> e de [e, b] en el
direccion contraria.
Utilice dsimulator en línea utilizando los servicios de onworks.net
