Este es el comando ecoPCR que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
ecoPCR: búsqueda de híbridos de secuencia y taxonomía con cebadores dados
SINOPSIS
ecoPCR [opciones] <nucleotídico patrones>
DESCRIPCIÓN
ecoPCR es un software de PCR electrónico desarrollado por LECA y Helix-Project. Ayuda a
Estimar la calidad de los imprimadores de códigos de barras.
CAMPUS
-a : Concentración de sal en M para el cálculo de Tm (por defecto 0.05 M)
-c : Considere que las secuencias de la base de datos son [c] irculares
-d : [D] atabase: para que coincida con el formato esperado, la base de datos
tiene que ser formateado primero por el formato ecoPCR(1) programa. formato ecoPCR(1) crea
tres tipos de archivos:
.sdx: contiene las secuencias
.tdx: contiene información sobre la taxonomía
.rdx: contiene el rango de taxonomía
ecoPCR necesita todos los tipos de archivo. Como resultado, debe escribir la base de datos radical
sin ninguna extensión. Por ejemplo / ecoPCRDB / gbmam
-D : Mantiene el número especificado de nucleótidos en cada lado del in silico
secuencias amplificadas (incluido el fragmento de ADN amplificado más las dos diana
secuencias de los cebadores).
-e : [E] rror: errores máximos permitidos por el oligonucleótido (0 por defecto)
-h : [H] elp - imprimir ayuda
-i : [Yo] ignoro la identificación de taxonomía dada.
Los ID de taxonomía están disponibles mediante el programa ecofind. ver su ayuda escribiendo ecofind
-h para obtener más información.
-k : Modo [Reino]: establece el modo Reino
modo super reino por defecto.
-l : mínimo [L] ength: defina la longitud mínima de amplicación.
-L : máxima [L] ength: define la máxima longitud de amplicación.
-m : Método de corrección de sal para el cálculo de Tm (SANTALUCIA: 1
o OWCZARZY: 2, predeterminado = 1)
-r : [R] restringe la búsqueda al id taxonómico dado.
Los ID de taxonomía están disponibles mediante el programa ecofind. ver su ayuda escribiendo ecofind
-h para obtener más información.
primer argumento: oligonucleótido para hebra directa
segundo argumento: oligonucleótido para cadena inversa
Descripción del resultado de la tabla:
columna 1: número de acceso
columna 2: longitud de la secuencia
columna 3: identificación taxonómica
columna 4: rango
columna 5: identificación taxonómica de la especie
columna 6: nombre científico
columna 7: identificación taxonómica del género
columna 8: nombre del género
columna 9: identificación taxonómica familiar
columna 10: apellido
columna 11: ID taxonómico del super reino
columna 12: nombre de super reino
columna 13: hebra (directa o inversa)
columna 14: primer oligonucleótido
columna 15: número de errores para el primer capítulo
columna 16: Tm para la hibridación del cebador 1 en este sitio
columna 17: segundo oligonucleótido
columna 18: número de errores para el segundo capítulo
columna 19: Tm para la hibridación del cebador 1 en este sitio
columna 20: longitud de amplificación
columna 21: secuencia
columna 22: definición
Utilice ecoPCR en línea utilizando los servicios de onworks.net
