Este es el comando exactSNP que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
exactSNP: un llamador de SNP que descubre los SNP probando señales contra el fondo local
ruidos
USO
SNP exacto [opciones] -i Las opciones de entrada -g genoma_de_referencia -o salida
Argumentos requeridos:
-i
Especifique el nombre de un archivo de entrada, incluidos los resultados de la asignación de lectura. los
[-b si BAM] el formato del archivo de entrada puede ser SAM o BAM (-b necesita ser especificado
si se proporciona un archivo BAM).
-g
Especifique el nombre del archivo, incluidas todas las secuencias de referencia. Un solo FASTA
Se debe proporcionar un archivo de formato.
-o
Especifique el nombre del archivo de salida. Este programa genera un archivo de formato VCF que
incluye SNP descubiertos.
Argumentos opcionales:
-a
Proporcione un conjunto de SNP anotados (por ejemplo, SNP incluidos en la base de datos dbSNP). los
El archivo suministrado debe estar en formato VCF. Proporcionar SNP conocidos al programa debe
mejorar su rendimiento de llamadas SNP. Tenga en cuenta que los SNP proporcionados pueden o no
llamado.
-b Indique el archivo de entrada proporcionado a través de -i está en formato BAM.
-Q
Especifique el límite del valor q para las llamadas SNP a una profundidad de secuenciación de 50X. 12 por
defecto. El límite del valor p correspondiente es 10 ^ (-1* Q). Tenga en cuenta que este programa
ajusta automáticamente el corte del valor q de acuerdo con la profundidad de secuenciación en cada
ubicación cromosómica.
-f Especifique la fracción mínima de bases que no coinciden con un SNP
la ubicación debe tener. Su valor debe estar entre 0 y 1. 0 por defecto.
-n
Especificar el número mínimo de bases que no coinciden debe tener una ubicación que contenga SNP
tengo. 1 por defecto.
-r
Especifique el número mínimo de lecturas mapeadas que debe tener una ubicación que contenga SNP (es decir,
la cobertura mínima). 1 por defecto.
-x
Especifique el número máximo de lecturas mapeadas que tiene una ubicación que contiene SNP.
3000 por defecto. Cualquier ubicación que tenga un número de lecturas superior al umbral
no ser considerado para llamadas SNP. Esta opción es útil para eliminar PCR
artefactos.
-s
Especifique los puntajes mínimos de calidad base (puntajes Phred) que las bases leídas deben satisfacer para
utilizarse para llamadas SNP. 13 por defecto. Leer bases con puntuaciones de calidad inferiores a 13
será excluido del análisis.
-t
Especifique el número de bases recortadas de cada extremo de la lectura. 3 por defecto.
-T
Especifique el número de subprocesos. 1 por defecto.
-v versión de salida del programa.
Ejemplo:
SNP exacto -i mi-alineación.sam -g mm10.fa -o mis-SNPs.txt
Use exactSNP en línea usando los servicios de onworks.net
