Este es el comando faidx que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
faidx - Obtener secuencias de FASTA
SINOPSIS
faidx [-h] [-b BED] [-o OUT] [-i {lecho, cromado, nucleótido, transpuesto}] [-c] [-r] [-n |
-F] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITADOR] [-g REGEX] [-m | -METRO] [--versión] fasta
[regiones [regiones ...]]
DESCRIPCIÓN
Obtener secuencias de FASTA. Si no se especifica ninguna región, todas las entradas en el archivo de entrada son
regresó. El archivo FASTA de entrada debe estar envuelto en línea de manera consistente y el ajuste de línea de la salida
se basa en las longitudes de las líneas de entrada.
CAMPUS
Posicional argumentos
fasta archivo FASTA
regiones
regiones de secuencia separadas por espacios para buscar, por ejemplo, chr1: 1-1000
Opcional argumentos
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
-b CAMA, --cama CAMA
archivo de cama de regiones
-o AFUERA, --fuera OUT
nombre del archivo de salida (predeterminado: stdout)
-i {lecho, cromatizado, nucleótido, transpuesto}, --transformar
{lecho, cromatizado, nucleótido, transpuesto}
transformar las regiones solicitadas en otro formato. predeterminado: Ninguno
-c, --complemento
complementar la secuencia. predeterminado: falso
-r, --contrarrestar
invertir la secuencia. predeterminado: falso
-n, --no-nombres
omitir los nombres de secuencia de la salida. predeterminado: falso
-f, --nombres completos
Salida de nombres completos, incluida la descripción. predeterminado: falso
-x, --dividir archivos
escribir cada región en un archivo separado (los nombres se derivan de las regiones)
-l, --perezoso
rellenar --secuencia predeterminada para rangos faltantes. predeterminado: falso
-s DEFAULT_SEQ, --secuencia predeterminada DEFAULT_SEQ
base predeterminada para posiciones faltantes y enmascaramiento. predeterminado: N
-d DELIMITADOR, --delimitador DELIMITADOR
delimitador para dividir nombres en varios valores (los nombres duplicados serán
descartado). predeterminado: Ninguno
-g expresiones regulares, --expresión regular REGEXACIONES
expresión regular para filtrar nombres de secuencia que no coinciden. defecto: .*
-m, --máscara-con-secuencia-predeterminada
enmascarar el archivo FASTA usando --secuencia predeterminada predeterminado: falso
-M, - máscara por caso
enmascare el archivo FASTA cambiando a minúsculas. predeterminado: falso
--versión
imprimir el número de versión de pyfaidx
Utilice faidx en línea utilizando los servicios de onworks.net
