featureCounts: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

featureCounts: un programa de resumen de lectura altamente eficiente y preciso

USO

funciónCuenta [opciones] -a -o input_file1 [input_file2]
...

Argumentos requeridos:

-a
Nombre de un archivo de anotaciones. Formato GTF por defecto. Ver -F opción para más formatos.

-o
Nombre del archivo de salida, incluidos los recuentos de lecturas. Un archivo separado que incluye un resumen
Las estadísticas de los resultados del recuento también se incluyen en la salida (` .resumen')

archivos_de_entrada
Lista de archivos de entrada en formato BAM o SAM. Los usuarios no necesitan especificar si es BAM o
SAM.

Argumentos opcionales:

-A
Nombre de un archivo delimitado por comas, incluidos los alias de los cromosomas utilizados para hacer coincidir
nombres de cromosomas utilizados en la anotación con los utilizados en la entrada BAM / SAM, si son
diferente. Consulte la Guía del usuario para conocer el formato de archivo.

-F
Especifique el formato del archivo de anotaciones proporcionado. Los formatos aceptables incluyen 'GTF' y
"SAF". 'GTF' por defecto. Consulte la Guía del usuario para obtener una descripción del formato SAF.

-t
Especifique el tipo de característica en la anotación GTF. 'exon' por defecto. Funciones utilizadas para leer
el recuento se extraerá de la anotación utilizando el valor proporcionado.

-g
Especifique el tipo de atributo en la anotación GTF. 'gene_id' por defecto. Meta-características utilizadas
para el recuento de lecturas se extraerá de la anotación utilizando el valor proporcionado.

-f Realice el recuento de lecturas a nivel de función (por ejemplo, recuento de lecturas de exones en lugar de
genes).

-O Asignar lecturas a todas sus meta-características superpuestas (o características si -f is
especificado).

-s
Realice el recuento de lecturas específico de la hebra. Valores posibles: 0 (sin trenzar), 1
(trenzado) y 2 (trenzado inverso). 0 por defecto.

-M También se contarán las lecturas de mapas múltiples. Para una lectura de mapas múltiples, todos sus informes
se contarán las alineaciones. La etiqueta 'NH' en la entrada BAM / SAM se utiliza para detectar
lecturas de mapas múltiples.

-Q
El puntaje mínimo de calidad de mapeo que debe cumplir una lectura para ser contado. Para
lecturas de extremo emparejado, al menos un extremo debe satisfacer este criterio. 0 por defecto.

-T
Número de hilos. 1 por defecto.

-v Versión de salida del programa.

-J Cuente el número de lecturas que respaldan cada unión exón-exón. Los cruces eran
identificado a partir de las lecturas que abarcan el exón en la entrada (que contiene 'N' en CIGAR
cuerda). Los resultados del recuento se guardan en un archivo llamado ' .jcounts '

-G
El archivo Fasta que contiene el genoma de referencia utilizado para generar el SAM de entrada o
Archivos BAM. Este argumento solo es necesario cuando se realiza el recuento de uniones.

-R Muestra el resultado de la asignación detallado para cada lectura. Se generará un archivo de texto para
cada archivo de entrada, incluidos los nombres de las lecturas y las lecturas de meta-características / características
asignado a. Consulte la Guía del usuario para obtener más detalles.

--superposición más grande
Asignar lecturas a una meta-característica / característica que tenga el mayor número de superposiciones
bases

--minSuperposición
Especifique el número mínimo de bases superpuestas requeridas entre una lectura y una
meta-característica / característica a la que está asignada la lectura. 1 por defecto.

--read2pos <5:3>
Reduzca las lecturas a su base más de 5 'o a la base de 3' más. Luego se realiza el recuento de lecturas
basado en la base única a la que se reduce la lectura.

--readExtensión5 Las lecturas se amplían en sentido ascendente por bases de sus
5 'final.

--readExtensión3 Las lecturas se amplían en sentido ascendente por bases de sus
3 'final.

--fracción
Utilice un recuento fraccionario 1 / n, en lugar de 1 (uno) recuento, para cada alineación informada
de una lectura de mapeo múltiple en recuento de lecturas. n es el número total de alineaciones informadas
para la lectura de mapas múltiples. Esta opción debe usarse junto con la opción '-M'.

--primario
Cuente solo las alineaciones primarias. Las alineaciones primarias se identifican usando el bit 0x100 en
Campo BANDERA SAM / BAM.

--ignoreDup
Ignore las lecturas duplicadas en el recuento de lecturas. Las lecturas duplicadas se identifican mediante bit
Ox400 en el campo BAM / SAM FLAG. Todo el par de lecturas se ignora si una de las lecturas es
una lectura duplicada para datos finales emparejados.

--countSplitAlignmentsOnly Cuente solo las alineaciones divididas (es decir, alineaciones con
Cadena de CIGAR que contiene 'N'). Un ejemplo de alineaciones divididas son las lecturas que abarcan el exón
en los datos de RNA-seq.

-p Cuente fragmentos (pares de lectura) en lugar de lecturas individuales. Para cada par de lectura, su
dos lecturas deben ser adyacentes entre sí en la entrada BAM / SAM.

-P Compruebe la validez de la distancia del extremo emparejado al contar los pares leídos. Usar -d y -D a
establecer umbrales.

-d
Longitud mínima de fragmento / plantilla, 50 por defecto.

-D
Longitud máxima de fragmento / plantilla, 600 por defecto.

-B Cuente los pares de lectura que tengan ambos extremos alineados correctamente solamente.

-S
Especifique la orientación de dos lecturas del mismo par, 'fr' de forma predeterminada
(Adelante atras).

-C No cuente los pares de lectura que tienen sus dos extremos asignados a diferentes cromosomas
o mapeo en el mismo cromosoma pero en diferentes cadenas.

--no ordenar
No ordene las lecturas en la entrada BAM / SAM. Tenga en cuenta que se requieren lecturas del mismo par
para estar ubicados uno al lado del otro en la entrada.

--maxMOp
Número máximo de operaciones 'M' permitidas en una cadena CIGAR. 10 por defecto. Ambos
'X' y '=' se tratan como 'M' y las operaciones 'M' adyacentes se fusionan en el CIGAR
cadena.

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