Este es el comando glam2-purge que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
glam2-purge: elimina las secuencias redundantes de un archivo FASTA
SINOPSIS
glam2-purga presentar Puntuación [opciones]
DESCRIPCIÓN
glam2-purga es una versión modificada de Andrew Neuwald purga programa que elimina redundante
secuencias de un archivo FASTA. Esto se recomienda para evitar problemas muy similares.
secuencias que distorsionan la búsqueda de motivos. Purge funciona con ADN o proteínas
secuencias y crea un archivo de salida de modo que no hay dos secuencias que tengan un local (sin espacios)
puntuación de alineación mayor que un umbral especificado por el usuario. El archivo de salida se llama
. . La puntuación de alineación se basa en la matriz BLOSUM62 para proteínas y en una
Esquema de puntuación + 5 / -1 para el ADN. La purga también se puede utilizar para enmascarar repeticiones en tándem. Usa el
Programa XNU para este propósito.
CAMPUS
-n
Las secuencias son ADN (predeterminado: proteína).
-b
Utilice el método heurístico de explosión (predeterminado para proteínas).
-e
Utilice un método exhaustivo (predeterminado para ADN).
-q
Mantenga la primera secuencia en el conjunto.
-x
Utilice xnu para enmascarar las repeticiones de proteínas en tándem.
Utilice glam2-purge en línea utilizando los servicios de onworks.net
