Este es el comando gmx-dyecoupl que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-dyecoupl - Extrae la dinámica del tinte de las trayectorias
SINOPSIS
acoplador de tinte gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-Antiguo Testamento [<.xvg>]]
[-oo [<.xvg>]] [-o [<.dat>]] [-rhist [<.xvg>]]
[-jista [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [tu ]
[-[ahora] [-xvg ] [- [no] pbcdist] [- [no] norma]
[-cubos ] [-R0 ]
DESCRIPCIÓN
GMX tinte extrae la dinámica del tinte de los archivos de trayectoria. Actualmente, R y kappa ^ 2
entre colorantes se extrae para (F) simulaciones RET con acoplamiento dipolar supuesto como en el
Ecuación de Foerster. Además permite el cálculo de R (t) y kappa ^ 2 (t), R y
kappa ^ 2 histogramas y promedios, así como la eficiencia instantánea FRET E (t) para un
radio Foerster especificado R_0 (interruptor -R0). Los colorantes de entrada deben estar enteros (ver res y
opciones de mol pbc en trjconv). El momento dipolar de transición del tinte tiene que ser definido por en
al menos un solo par de átomos, sin embargo, se pueden proporcionar múltiples pares de átomos en el archivo de índice.
La distancia R se calcula sobre la base de los COM de los pares de átomos dados. los
-pbcdist La opción calcula distancias a la imagen periódica más cercana en lugar de a la distancia
en el cuadro. Sin embargo, esto solo funciona para los límites periódicos en las 3 dimensiones. los
-norma La opción (área-) normaliza los histogramas.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (índice.ndx)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-Antiguo Testamento [<.xvg>] (rkappa.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-oo [<.xvg>] (insteff.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-o [<.dat>] (rkappa.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos
-rhist [<.xvg>] (rhist.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-jista [<.xvg>] (khist.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
- [no] pbcdist (no)
Distancia R basada en PBC
- [no] norma (no)
Normalizar histogramas
-cubos (50)
# de contenedores de histograma
-R0 (-1)
Radio de Foerster incluyendo kappa ^ 2 = 2/3 en nm
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