Este es el comando gmx-dyndom que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-dyndom - Interpolar y extrapolar rotaciones de estructuras
SINOPSIS
dyndom gmx [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc / .trr / ...>]]
[-primer ángulo ] [-lastangulo ] [-nframe ]
[-ángulo máximo ] [-trans ] [-cabeza ]
[-cola ]
DESCRIPCIÓN
GMX dinamismo lee un .pdb salida de archivo de DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). Eso
lee las coordenadas, las coordenadas del eje de rotación y un archivo de índice que contiene
los dominios. Además, toma el primer y último átomo del archivo de flecha como comando
argumentos de línea (cabeza y cola) y finalmente toma el vector de traducción (dado en
Archivo de información DynDom) y el ángulo de rotación (también como argumentos de línea de comando). Si el ángulo
determinado por DynDom, uno debería poder recuperar la segunda estructura utilizada para
generando la salida DynDom. Debido a la precisión numérica limitada, esto debería ser
verificado mediante el cálculo de un RMSD de todos los átomos (utilizando GMX confirma) en lugar de comparar archivos
(usando diff).
El propósito de este programa es interpolar y extrapolar la rotación encontrada por
DynDom. Como resultado, estructuras no físicas con enlaces largos o cortos, o átomos superpuestos
puede producirse. La inspección visual y la minimización de energía pueden ser necesarias para validar
la estructura.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
Archivo del banco de datos de proteínas
-n [<.ndx>] (dominios.ndx)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (rotado.xtc)
Trayectoria: xtc trr gro g96 pdb tng
Otras opciones
-primer ángulo (0)
Ángulo de rotación sobre el vector de rotación
-lastangulo (0)
Ángulo de rotación sobre el vector de rotación
-nframe (11)
Número de pasos en el camino
-ángulo máximo (0)
Ángulo de rotación determinado por DymDom sobre el vector de rotación
-trans (0)
Traducción (Angstrom) a lo largo del vector de rotación (consulte el archivo de información de DynDom)
-cabeza (0 0 0)
Primer átomo del vector flecha
-cola (0 0 0)
Último átomo del vector de flecha
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