Este es el comando gmx-insert-moléculas que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-insert-moleculas: inserta moléculas en las vacantes existentes
SINOPSIS
moléculas de inserción gmx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-esta [<.gro / .g96 / ...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-caja ]
[-nmol ] [-tratar ] [-semilla ]
[-radio ] [-escala ] [-Dr ]
[-putrefacción ]
DESCRIPCIÓN
GMX insertar-moléculas insertos -nmol copias del sistema especificado en el -esta fichero de entrada.
Las inserciones tienen lugar en un espacio vacío en la conformación de soluto dada con
-f, o en una caja vacía dada por -caja. Especificando ambos -f y -caja se comporta como -f, pero
coloca una nueva caja alrededor del soluto antes de las inserciones. Cualquier velocidad presente es
descartado.
De forma predeterminada, las posiciones de inserción son aleatorias (con la semilla inicial especificada por -semilla). La
programa itera hasta -nmol se han insertado moléculas en la caja. Las moléculas no son
insertado donde la distancia entre cualquier átomo existente y cualquier átomo del insertado
molécula es menor que la suma basada en los radios de van der Waals de ambos átomos. Una base de datos
(vdwradii.dat) de radios de van der Waals es leído por el programa, y los radios resultantes
escalado por -escala. Si no se encuentran radios en la base de datos, a esos átomos se les asigna la
distancia (preescalada) -radio.
Un total de -nmol * -tratar Se hacen intentos de inserción antes de rendirse. Incrementar -tratar si tu
tiene varios agujeros pequeños para llenar. Opción -putrefacción especifica si las moléculas de inserción
están orientados aleatoriamente antes de los intentos de inserción.
Alternativamente, las moléculas se pueden insertar solo en posiciones definidas en posiciones.
(-ip). Ese archivo debe tener 3 columnas (x, y, z), que den los desplazamientos en comparación con
la posición de la molécula de entrada (-esta). Por lo tanto, si ese archivo debe contener el valor absoluto
posiciones, la molécula debe estar centrada en (0,0,0) antes de usar GMX insertar-moléculas
(por ejemplo, de GMX editarconf -centrar). Los comentarios de ese archivo que comienzan con # se ignoran.
Optión -Dr define los desplazamientos máximos permitidos durante los ensayos de inserción. -tratar y
-putrefacción funciona como en el modo predeterminado (ver arriba).
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.gro / .g96 / ...>] (proteína.gro) (Opcional)
Configuración existente para insertar en: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-esta [<.gro / .g96 / ...>] (insertar.gro)
Configuración para insertar: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-ip [<.dat>] (posiciones.dat) (Opcional)
Posiciones de prueba de inserción predefinidas
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.gro / .g96 / ...>] (fuera.gro)
Configuración de salida después de la inserción: gro g96 pdb brk ent esp
Otras opciones
-caja (0 0 0)
Tamaño de la caja (en nm)
-nmol (0)
Número de moléculas adicionales para insertar
-tratar (10)
Intenta insertar -nmol veces -tratar veces
-semilla (1997)
Semilla generadora aleatoria
-radio (0.105)
Distancia predeterminada de van der Waals
-escala (0.57)
Factor de escala para multiplicar los radios de Van der Waals de la base de datos en
compartir / gromacs / top / vdwradii.dat. El valor predeterminado de 0.57 produce una densidad cercana a
1000 g / l para proteínas en agua.
-Dr (0 0 0)
Desplazamiento permitido en x / y / z desde posiciones en -ip presentar
-putrefacción
Gire las moléculas insertadas al azar: xyz, z, ninguna
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