Este es el comando gmx-make_ndx que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-make_ndx - Crea archivos de índice
SINOPSIS
gmx hacer_ndx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-átomos ] [-[no ganar]
DESCRIPCIÓN
Los grupos de índices son necesarios para casi todos los programas GROMACS. Todos estos programas pueden
generar grupos de índices predeterminados. SOLO tienes que usar GMX hacer_ndx cuando necesitas ESPECIAL
grupos de índice. Hay un grupo de índice predeterminado para todo el sistema, 9 grupos de índice predeterminados
para proteínas, y se genera un grupo de índice predeterminado para cada otro nombre de residuo.
Cuando no se proporciona un archivo de índice, también GMX hacer_ndx generará los grupos predeterminados. Con
el editor de índice puede seleccionar en nombres y números de átomos, residuos y cadenas. Cuando una carrera
Se proporciona el archivo de entrada, también puede seleccionar el tipo de átomo. Puede usar NOT, AND y OR, usted
puede dividir grupos en cadenas, residuos o átomos. Puede eliminar y cambiar el nombre de los grupos.
La numeración de átomos en el editor y el archivo de índice comienza en 1.
El -gemelo switch duplica todos los grupos de índices con un desplazamiento de -átomos, que es útil
para configuraciones de membrana de doble capa de electrofisiología computacional.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.gro / .g96 / ...>] (conf.gro) (Opcional)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-n [<.ndx> [...]] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.ndx>] (índice.ndx)
Archivo de índice
Otras opciones
-átomos (0)
establecer el número de átomos (predeterminado: leer desde un archivo de índice o de coordenadas)
-[no ganar (no)
Duplique todos los grupos de índices con un desplazamiento de -natoms
Use gmx-make_ndx en línea usando los servicios de onworks.net
