Este es el comando gmx-sasa que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-sasa - Calcular el área de superficie accesible al solvente
SINOPSIS
gmx sasa [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [-O [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-televisión [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [tu ] [-xvg ] [- [no] rmpbc]
[- [no] pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-Investigacion ]
[-puntos ] [- [no] prot] [-dgs ]
[-superficie ] [-producción ]
DESCRIPCIÓN
GMX sasa calcula las áreas superficiales accesibles al solvente. Véase Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C y Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 para el algoritmo utilizado. Con
-q, la superficie Connolly se puede generar también en un .pdb archivo donde están los nodos
representados como átomos y los bordes que conectan los nodos más cercanos como registros CONECT. -odg
permite la estimación de energías libres de solvatación a partir de energías de solvatación por átomo por
Superficie expuesta.
El programa requiere una selección para que el cálculo de la superficie se especifique con
-superficie. Este siempre debe estar formado por todos los átomos no solventes del sistema. El área de
este grupo siempre se calcula. Opcionalmente, -producción puede especificar selecciones adicionales,
que deben ser subconjuntos del grupo de cálculo. Las áreas accesibles a solventes para estos
Los grupos también se extraen de la superficie completa.
La desviación promedio y estándar del área sobre la trayectoria se puede calcular por
residuo y átomo (opciones -O y las -oa).
Con el -televisión opción se puede calcular el volumen total y la densidad de la molécula. Con
-pbc (el valor predeterminado), debe asegurarse de que su molécula / grupo de superficie no se divida
PBC. De lo contrario, obtendrá resultados sin sentido. Considere también si el
El radio normal de la sonda es apropiado en este caso o si prefiere usar, por ejemplo, 0.
Es bueno tener en cuenta que los resultados de volumen y densidad son muy aproximados.
Por ejemplo, en el hielo Ih, se pueden colocar fácilmente moléculas de agua en los poros, lo que produciría
un volumen demasiado bajo y una superficie y una densidad demasiado altas.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trayectoria de entrada o configuración única: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estructura de entrada: tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Grupos de índice adicionales
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (área.xvg)
Superficie total en función del tiempo
-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Opcional)
Energía libre de solvatación estimada en función del tiempo
-O [<.xvg>] (resarea.xvg) (Opcional)
Superficie media por residuo
-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Opcional)
Área promedio por átomo
-televisión [<.xvg>] (volumen.xvg) (Opcional)
Volumen y densidad totales en función del tiempo
-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Opcional)
Archivo PDB para superficie Connolly
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Solo use el marco si t MOD dt == primera vez (ps)
tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmggracia)
Formato de trazado: ninguno, xmgrace, xmgr
- [no] rmpbc (si)
Completa las moléculas para cada cuadro.
- [no] pbc (si)
Utilice condiciones de contorno periódicas para el cálculo de la distancia
-sf
Proporcionar selecciones de archivos
-selrpos (átomo)
Posiciones de referencia de selección: átomo, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, Part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-Investigacion (0.14)
Radio de la sonda de disolvente (nm)
-puntos (24)
Número de puntos por esfera, más puntos significa más precisión
- [no] prot (si)
Envíe la proteína al Connolly .pdb archivo también
-dgs (0)
Valor predeterminado de energía libre de solvatación por área (kJ / mol / nm ^ 2)
-superficie
Selección de cálculo de superficie
-producción
Selección (es) de salida
Use gmx-sasa en línea usando los servicios de onworks.net
