Este es el comando gmx-spol que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-spol: analiza la orientación y la polarización del dipolo del disolvente alrededor de los solutos
SINOPSIS
gmx spol [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[ahora]
[-xvg ] [- [no] com] [-reengrasar ] [-rmin ]
[-rmax ] [-aderezo ] [-bw ]
DESCRIPCIÓN
GMX sexo analiza dipolos alrededor de un soluto; es especialmente útil para agua polarizable.
Un grupo de átomos de referencia o un centro de referencia de masa (opción -con) y un grupo de
Se requieren átomos de disolvente. El programa divide el grupo de átomos de disolvente en moléculas.
Para cada molécula de disolvente, la distancia al átomo más cercano en el grupo de referencia o al
COM está determinado. Se traza una distribución acumulativa de estas distancias. Para cada
distancia entre -rmin y -rmax el producto interno del vector de distancia y el dipolo
de la molécula de disolvente. Para moléculas de solvente con carga neta (iones), el
La carga neta del ion se resta uniformemente de todos los átomos en la selección de cada ion.
Se imprime el promedio de estos componentes dipolo. Lo mismo se hace para la polarización,
donde el dipolo promedio se resta del dipolo instantáneo. La magnitud de la
dipolo medio se establece con la opción -aderezo, la dirección está definida por el vector de
el primer átomo del grupo de disolventes seleccionado hasta el punto medio entre el segundo y el
tercer átomo.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
- [no] com (no)
Utilice el centro de masa como posición de referencia
-reengrasar (1)
El átomo de referencia de la molécula de disolvente.
-rmin (0)
Distancia máxima (nm)
-rmax (0.32)
Distancia máxima (nm)
-aderezo (0)
El dipolo medio (D)
-bw (0.01)
El ancho del contenedor
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