Este es el comando gt-extractfeat que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-extractfeat: extrae las funciones proporcionadas en el archivo GFF3 del archivo de secuencia.
SINOPSIS
gt extraer [opción ...] [GFF3_file]
DESCRIPCIÓN
Tipo [cadena]
establecer el tipo de características que se extraerán (predeterminado: indefinido)
-entrar [si | no]
unir secuencias de características en el mismo subgrafo en uno solo (predeterminado: no)
-traducir [si | no]
traducir las características (de una secuencia de ADN) en proteína (predeterminado: no)
-seqid [si | no]
agregar ID de secuencia de características extraídas a las descripciones de FASTA (predeterminado: no)
-objetivo [si | no]
agregar ID de destino de características extraídas a las descripciones de FASTA (predeterminado: no)
-coords [si | no]
agregar la ubicación de las características extraídas a las descripciones de FASTA (predeterminado: no)
-retenidos [si | no]
usar atributos de ID de características extraídas como descripciones FASTA (predeterminado: no)
-gcódigo [propuesta de]
especificar el código genético que se utilizará (predeterminado: 1)
-archivo seq [nombre de archivo]
establecer el archivo de secuencia del cual tomar las secuencias (predeterminado: indefinido)
-encseq [nombre de archivo]
establezca el nombre de índice de la secuencia codificada del cual tomar las secuencias (predeterminado:
indefinido)
-archivos seq
establecer los archivos de secuencia de los que extraer las funciones utilizar -- para terminar la lista
de archivos de secuencia
-matchdesc [si | no]
busque las descripciones de secuencia de los archivos de entrada para los ID de secuencia deseados (en
GFF3), informando la primera coincidencia (predeterminado: no)
-partidodescstart [si | no]
coincidir exactamente con las descripciones de secuencia de los archivos de entrada para la secuencia deseada
ID (en GFF3) desde el principio hasta el primer espacio en blanco (predeterminado: no)
-usedesc [si | no]
use descripciones de secuencia para mapear los ID de secuencia (en GFF3) a la secuencia real
entradas. Si una descripción contiene un rango de secuencia (por ejemplo, III: 1000001..2000000), el
la primera parte se utiliza como ID de secuencia (III) y la primera posición del rango como compensación
(1000001) (predeterminado: no)
-mapeo de regiones [cadena]
establecer el archivo que contiene la región de secuencia para la asignación de archivo de secuencia (predeterminado: indefinido)
-v [si | no]
ser detallado (predeterminado: no)
-anchura [propuesta de]
establecer el ancho de salida para la impresión de secuencia FASTA (0 deshabilita el formateo) (predeterminado: 0)
-o [nombre de archivo]
redirigir la salida al archivo especificado (predeterminado: indefinido)
-gzip [si | no]
escribir archivo de salida comprimido gzip (predeterminado: no)
-bzip2 [si | no]
escribir archivo de salida comprimido bzip2 (predeterminado: no)
-fuerza [si | no]
forzar la escritura en el archivo de salida (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
Números de código genético para la opción -gcódigo:
1: Estándar 2: Mitocondrial de Vertebrados 3: Mitocondrial de Levadura 4: Mitocondrial de Moho;
Mitocondrial protozoario; Mitocondrial celenterado; Micoplasma; Espiroplasma 5:
Mitocondrial de invertebrados 6: Ciliate Nuclear; Dasycladacean Nuclear; Hexamita Nuclear 9:
Equinodermo mitocondrial; Flatworm Mitocondrial 10: Euplotid Nuclear 11: Bacteriano,
Archaeal and Plant Plastid 12: Levadura alternativa Nuclear 13: Ascidiana Mitocondrial 14:
Gusano plano alternativo Mitocondrial 15: Blefarisma Macronuclear 16: Clorofíceo
Mitocondrial 21: Trematodo Mitocondrial 22: Scenedesmus obliquus Mitocondrial 23:
Thraustochytrium Mitochondrial 24: Pterobranchia Mitochondrial 25: Candidato Division SR1
y Gracilibacteria
Formato de archivo para la opción -mapeo de regiones:
El archivo proporcionado a la opción -regionmapping define un "mapeo". Un mapeo mapea el
entradas de la región de secuencia dadas en el GFF3_archivo a un archivo de secuencia que contiene el
secuencia correspondiente. Las asignaciones se pueden definir en una de las dos formas siguientes:
mapeo = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
mapeo de funciones (secuencia_región)
return "hs_ref _" .. secuencia_region .. ". fa.gz"
final
La primera forma define un Lua (http://www.lua.org) tabla llamada "mapeo" que mapea cada
región de secuencia al archivo de secuencia correspondiente. El segundo define una función Lua
"Mapeo", que tiene que devolver el nombre del archivo de secuencia cuando se llama con el
secuencia_región como argumento.
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
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