Este es el comando hmm2fetch que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
hmm2fetch: recuperar un HMM de una base de datos de HMM
SINOPSIS
hmm2buscar [opciones] base de datos nombre
DESCRIPCIÓN
hmm2buscar es una pequeña utilidad que recupera un HMM llamado nombre de una base de datos de modelos HMMER
, que son base de datos. en un nuevo formato e imprime ese modelo en la salida estándar. Por ejemplo,
hmm2buscar Pfam Rrm recupera el modelo RRM (motivo de reconocimiento de ARN) de Pfam, si el
La variable de entorno HMMERDB se establece en la ubicación de la base de datos de Pfam. El recuperado
El archivo HMM está escrito en formato HMMER 2 ASCII.
La base de datos debe tener un archivo de índice GSI asociado. Para indexar una base de datos HMM, use el
programa índice hmm2.
CAMPUS
-h Imprimir ayuda breve; incluye el número de versión y un resumen de todas las opciones, incluyendo
opciones de expertos.
-n Interpretar nombre como un número HMM en lugar de un nombre. La numeración comienza en 0. Para
ejemplo, para obtener el primer HMM de una base de datos HMM llamada foo tu harías
hmm2buscar -n 0 foo
Utilice hmm2fetch en línea utilizando los servicios de onworks.net
