Este es el comando indexdb_rna que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
indexdb_rna - herramienta para filtrar, mapear y seleccionar lecturas NGS de selección de OTU (indexdb)
SINOPSIS
indexdb_rna --árbitro db.fasta, db.idx [OPCIONES]
DESCRIPCIÓN
SortMeRNA es una herramienta de análisis de secuencia biológica para filtrado, mapeo y selección de OTU
NGS lee. El algoritmo central se basa en semillas aproximadas y permite una rápida y
análisis sensibles de secuencias de nucleótidos. La principal aplicación de SortMeRNA es el filtrado
ARNr de datos metatranscriptómicos. Las aplicaciones adicionales incluyen recogida de OTU y
asignación de taxonomía disponible a través de QIIME v1.9 + (http://qiime.org -v1.9.0-rc1).
SortMeRNA toma como entrada un archivo de lecturas (formato fasta o fastq) y uno o varios rRNA
archivo (s) de base de datos, y clasifica el ARNr y las lecturas rechazadas en dos archivos especificados por el
usuario. Opcionalmente, puede proporcionar alineaciones locales de alta calidad de lecturas de ARNr contra el
Base de datos de ARNr. SortMeRNA funciona con datos de Illumina, 454, Ion Torrent y PacBio, y puede
producen alineaciones tipo SAM y BLAST.
CAMPUS
OBLIGATORIO CAMPUS
--árbitro STRING, STRING
Archivo de referencia FASTA, archivo de índice
Ejemplo:
--árbitro /ruta/al/archivo1.fasta,/ruta/al/índice1
Si pasa varios archivos de secuencia de referencia, sepárelos con ':'
Ejemplo:
--árbitro /ruta/f1.fasta,/ruta/índice1:/ruta/f2.fasta,ruta/índice2
OPCIONAL CAMPUS
--rápido BOOL
opción sugerida para alinear ~ 99% de especies relacionadas (predeterminado: desactivado)
--sensible BOOL
opción sugerida para alinear ~ 75-98% de especies relacionadas (predeterminado: activado)
--tmpdir CADENA
directorio donde escribir archivos temporales
-m INT la cantidad de memoria (en Mbytes) para construir el índice (predeterminado: 3072)
-L INT longitud de la semilla (por defecto: 18)
--max_pos INT
número máximo de posiciones para almacenar para cada L-mer único (predeterminado: 10000, configuración
--max_pos 0 almacenará todas las posiciones)
-v BOOL
verboso
-h BOOL
ayuda
Use indexdb_rna en línea usando los servicios de onworks.net
