Este es el comando ipcress que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
ipcress - Sistema de simulación de experimentos de PCR en silico
SINOPSIS
ippress [ opciones ] <cartilla archivo> <secuencia caminos>
DESCRIPCIÓN
ippress son los In-silico PCR Eexperimentar Simulacion Ssistema
Esta es una herramienta para la simulación de experimentos de PCR. Proporcionas un archivo que contiene cebadores
y un conjunto de secuencias, y predice productos de PCR.
Ipcress es similar al programa e-PCR del NCBI, pero es mucho más rápido y no
sufre problemas para identificar coincidencias cuando hay símbolos de ambigüedad cerca de la cartilla
extremos.
Si suministra muchos pares de cebadores juntos, ipcress simulará los experimentos de PCR en
en paralelo, lo que permite la simulación en todo el genoma de un gran número de experimentos. Usa muchos
bibliotecas de la exonerar herramienta de comparación de secuencias.
ENTRADA FORMATO
La entrada para ipcress es un archivo simple delimitado por espacios en blanco que describe un experimento por
línea. Cada línea contiene los siguientes 5 campos:
id Un identificador para este experimento
cebador_A Secuencia del primer cebador
cebador_B Secuencia para el segundo cebador
min_producto_len Longitud mínima del producto para informar
max_product_len Longitud máxima del producto para informar
Aquí hay una línea de ejemplo en este formato:
ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100
SALIDA FORMATO
El formato de salida describe un producto de PCR por línea,
y tiene el prefijo "ipcress:", seguido de los siguientes 11 campos:
secuencia_id El identificador de secuencia
experimento_id La identificación del experimento de PCR
longitud_producto La longitud del producto de PCR
cebador_5 El cebador de 5 '(ya sea A o B)
pos_5 Posición del cebador de 5 '
desajuste_5 Número de desajustes en el cebador 5 '
cebador_3 |
pos_3 | Mismos campos para la imprimación de 3 '
desajuste_3 |
descripción Una descripción del producto de PCR
El campo de descripción es una de las siguientes 4 cadenas:
HACIA EL FUTURO Producto normal, imprimación A seguida de B
comp. de revoluciones Producto normal, imprimación B seguida de A
soltero_A Producto defectuoso generado solo por primer_A
soltero_B Producto defectuoso generado solo por primer_B
También se muestra una salida legible por humanos, no está diseñada para analizar (consulte:
- bastante abajo).
GENERAL CAMPUS
La mayoría de los argumentos tienen formas cortas y largas. Las formas largas
tienen más probabilidades de ser estables en el tiempo y, por lo tanto, deben usarse en scripts que
llame a ipcress.
-h | - ayuda breve
Mostrar ayuda. Esto mostrará un resumen conciso de las opciones disponibles, valores predeterminados
y valores establecidos actualmente.
--ayuda
Esto muestra todas las opciones de ayuda, incluidos los valores predeterminados, el valor establecido actualmente,
y la variable de entorno que se puede utilizar para establecer cada parámetro. Habrá
ser una indicación de qué opciones son obligatorias. Las opciones obligatorias no tienen
predeterminado, y debe tener un valor proporcionado para que ipcress se ejecute. Si las opciones obligatorias
se utilizan en orden, sus banderas pueden omitirse de la línea de comando (ver ejemplos
debajo). A diferencia de esta página de manual, la información de esta opción siempre estará activa
al día con la última versión del programa.
-v | --versión
Muestra el número de versión. También muestra otra información como la fecha de construcción.
y versión simplificada utilizada.
ARCHIVO ENTRADA CAMPUS
-i | --aporte
Datos del experimento de PCR en el formato de archivo ipcress descrito anteriormente.
-s | --secuencia
Especifique las secuencias. Aquí se pueden especificar varios archivos, lo que reduce el FSM
construyendo sobrecarga, y hace que ipcress se ejecute más rápido que ejecutar el proceso
por separado.
IPCRESS PARÁMETROS
-m | --discordancia
Especifique el número de desajustes permitidos por cebador. Permitir desajustes reduce
se debe construir la velocidad del programa como un gran vecindario de cebadores, y
Se pueden instalar menos experimentos en la memoria antes de cada escaneo de la secuencia.
bases de datos.
-M | --memoria
Especifique la cantidad de memoria que debe usar el programa. Cuanto más recuerdo se hace
ipcress disponible, más rápido se ejecutará, ya que se pueden realizar más experimentos de PCR
en cada escaneo de las bases de datos de secuencias. Esto no incluye la memoria utilizada durante
el escaneo (para almacenar resultados y secuencias parciales), por lo que la cantidad real de
la memoria utilizada será ligeramente superior.
-p | --lindo
Muestra los resultados en un formato legible por humanos, no diseñado para analizar.
-P | --productos
Muestra los productos de PCR como una secuencia de formato FASTA.
-S | --semilla
Especifique la longitud de la semilla para la palabra vecindario para el FSM. Si se establece en cero,
se utiliza la imprimación completa. Las palabras más cortas reducen el tamaño del vecindario, pero
aumente el tiempo que tarda ipcress en filtrar coincidencias de falsos positivos.
MEDIO AMBIENTE
Aún no documentado.
EJEMPLOS
ippress prueba.ipcress secuencia.fasta
Ésta es la forma más sencilla de utilizar ipcress.
ippress dbsts_human.ipcress --secuencia ncbi30 / *. fasta --discordancia 1
Compare un archivo de entrada con un conjunto de archivos fasta, lo que permite una discrepancia en cada
cebador.
VERSIÓN
Esta documentación acompaña a la versión 2.2.0 del paquete exonerado.
Use ipcress en línea usando los servicios de onworks.net
