Este es el comando kissreads que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
kissreads - página de manual para kissreads 1.2.6
DESCRIPCIÓN
NOMBRE kissReads, versión kissreads módulo 1.2.6 - Copyright INRIA - Licencia CeCILL
SINOPSIS kissreads / kissreads [
[
[-I] [-i index_stride] [-m align_file] [-s] [-f] [-h]
DESCRIPCIÓN Comprueba cada secuencia contenida en toCheck.fasta si se lee
coherente (cada posición está cubierta por al menos "min_coverage" lecturas) con lecturas de
readsA.fasta o readsB.fasta Una secuencia s de toCheck se trata de la siguiente manera:
if (es coherente con al menos un conjunto de lectura): genera la secuencia de la siguiente manera
> comentario fasta original | C1: min s
Con A: min
cobertura en readsA.fasta <cobertura media en readsA.fasta - R-cuadrado corregido
promedio en lecturas A.fa <valor de la posición que tiene cobertura máxima en
readsA.fasta La cobertura es el número de lecturas que mapearon perfectamente una posición
Cualquier otra situación (no es coherente con ninguna): pareja no se lee coherente, no
superado
OPCIONES
-k size_seed: utilizará semillas de tamaño size_seed. Predeterminado: 25.
-O minimal_read_overlap: una lectura se puede mapear si su superposición es al menos
"minimal_read_overlap". Por defecto: k
-c min_coverage: una secuencia está cubierta por al menos min_coverage lecturas coherentes. Predeterminado: 2
-d max_substitutions: número máximo de sustituciones autorizadas entre una lectura y una
fragmento. Tenga en cuenta que no se permite ninguna sustitución en la posición central mientras
analizar la salida de kissnp. Predeterminado: 1.
-o file_name: escribe salidas coherentes con la lectura. Predeterminado: salida estándar
-u file_name: escribe salidas coherentes no leídas. Predeterminado: salida estándar
-n el archivo de entrada (toCheck.fasta) es una salida kissnp (incompatible con -I opción)
en este caso: 1 / solo se consideran los caracteres superiores (no se hace mapeo en el
extensiones) y 2 / la posición central (donde ocurre el SNP) está estrictamente mapeada,
no se autoriza ninguna sustitución en este puesto.
-I el archivo de entrada (toCheck.fasta) es una salida Intl (incompatible con -n opción)
-i index_stride (valor int). Esta es una heurística para limitar la huella de memoria.
En lugar de indexar cada kmer de las secuencias contenidas en toCheck.fasta,
kissreads indexa kmers que ocurren en cada posición "index_stride". Predeterminado = 1 (no
heurístico)
-t número máximo de subprocesos (también limitado por el número de archivos de entrada)
-m align_file, escribe un archivo de lecturas asignadas a secuencias en el archivo align_file
-s Modo silencioso
-f genera eventos coherentes en un formato de archivo fasta estándar
-h imprime este mensaje y sale
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