Este es el comando macs2_bdgopt que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
macs2_bdgopt - Análisis basado en modelos para secuenciación de ChIP
DESCRIPCIÓN
uso: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {multiplicar, sumar, p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM...]]] [--outdir OUTDIR] -o
ACEITE
opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
-i ARCHIVO, --archivo ARCHIVO
Puntuación MACS en bedGraph. Nota: debe ser un archivo bedGraph que cubra TODA la
genoma. REQUERIDO
-m {multiplicar, sumar, p2q}, --método {multiplicar, sumar, p2q}
Método para modificar la columna de puntuación del archivo bedGraph. Las opciones disponibles son:
multiplicar, sumar o p2q. 1) multiplicar, se requiere el EXTRAPARAM y será
multiplicado a la columna de puntuación. Si tiene la intención de dividir la columna de puntuación por X, utilice
valor de 1 / X como EXTRAPARAM. 2) agregar, se requiere EXTRAPARAM y se agregará a
la columna de puntuación. Si tiene la intención de restar la columna de puntuación por X, use el valor de -X
como EXTRAPARAM. 3) p2q, esto convertirá las puntuaciones de valor p en puntuaciones de valor q utilizando
Proceso Benjamini-Hochberg. No se requiere EXTRAPARAM. Este método asume
las puntuaciones son -log10 valor p de MACS2. Cualquier otro tipo de puntuación provocará
errores inesperados.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM...]], --parámetro adicional [EXTRAPARÁMETRO [EXTRAPARÁMETRO...]]
El parámetro extra de METHOD. Verifique el detalle de -m .
--outdir EXTERIOR
Si se especifica, todos los archivos de salida se escribirán en ese directorio. Predeterminado: el
directorio de trabajo actual
-o ACEITE, --archivo ACEITE
Salida BEDGraph nombre de archivo.
Utilice macs2_bdgopt en línea utilizando los servicios de onworks.net
