maqview - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

Maqview - visor e indexador de alineación Maq

SINOPSIS

maqindex -i|-v|-b [-c pulg. cns] pulg. mapa [chr[:comienzo[-final]] [...]]

maqvista [-c pulg. cns] pulg. mapa

DESCRIPCIÓN

maqview es un conjunto de programas que logra un rápido acceso aleatorio al archivo de alineación
generado por 'pero Q map ', y muestra la alineación con una bonita GUI (usuario gráfico
Interfaz). Es muy eficiente en velocidad, memoria y uso de disco. maqview está basado en
OpenGL y se sabe que funciona tanto en Mac OS X como en Linux. Portar a Windows es, en principio
fácil.

maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c pulg. cns] pulg. mapa [chr[:comienzo[-final]] [...]]

-i Indexar el archivo de alineación

-v Imprima la alineación en la región especificada en el formato 'maq mapview'

-b Volcar la alineación en la región especificada en el formato .map binario

-c ARCHIVO Indexe el archivo de consenso de Maq para verlo en maqview al mismo tiempo

Programa maqindex indexa un archivo de alineación maq pulg. mapa o recupera rápidamente todas las lecturas en
una o varias regiones. Uno de -i, -v y -b debe ser usado. Para -v or -b, al menos uno
Se debe especificar una región como `chrX ',` chrX: 1000' o `chrX: 1,000-2,000 '. Varias regiones
están permitidos.

maqvista
maqvista [-c pulg. cns] pulg. mapa

-c ARCHIVO El archivo de consenso de Maq

Programa maqvista muestra la alineación de lectura en una ventana gráfica. Cuando pulg. cns is
especificado, la secuencia superior es la referencia, seguida de la secuencia de consenso Maq;
de lo contrario, se calculará el consenso de la regla de la mayoría.

Maqview tiene dos vistas: vista de secuencia y vista de caja. En la vista de secuencia, leer secuencias
se imprimirá en la pantalla. Las bases más oscuras indican cualidades de base más bajas y las rojas
mostrar las diferencias en comparación con la referencia si pulg. cns se especifica o al
consenso de la regla de la mayoría si no. En la vista de caja, se muestran diferentes tipos de nucleótidos.
representado como cuadros de color con verde para A, cian para C, naranja para G, rojo para T y oscuro
gris para N. La saturación de colores indica las cualidades de la base y las líneas de espesor
de lecturas muestra las cualidades de mapeo de las alineaciones de lectura. Solo se admite acercar / alejar
en la vista de caja. En ambas vistas, la barra de estado en la parte inferior de la ventana mostrará algunos
información sobre los toques de teclas y leer nombres y cualidades básicas señaladas por el mouse.

La navegación por la alineación se logra mediante varias combinaciones de teclas.

· Atajos de teclado:

? Mostrar ayuda
Salida
Vista de secuencia
Vista de caja
p Cambiar a la secuencia de referencia anterior
n Cambiar a la siguiente secuencia de referencia
r Actualizar

Mover a la posición señalada por
h / Moverse a la izquierda por una base
l / Mover a la derecha por una base
k / Subir una línea
j / Bajar una línea
> Pasar a la siguiente lectura
<Mover a la lectura anterior
g / Moverse al principio de la referencia actual
G / Mover al final de la referencia actual
u / Mover a la izquierda una página
/ Mover a la derecha una página
Moverse por 100 bases
Moverse por 1000 bases

+ Agregar una nueva vista
- Eliminar la vista actual

Activar / desactivar el desplazamiento automático a la derecha
^ b Activar / desactivar el desplazamiento automático a la izquierda
+ Acercar
- Disminuir el zoom
0 Zoom a la escala predeterminada
q Alternar mostrar / ocultar cualidades de mapeo
e Alternar la visualización de las cualidades de mapeo SE / PE
o Abrir un nuevo archivo de alineación

· Ingrese un número entero y luego presione para saltar a la posición requerida.

· Ingrese un número entero y luego presione una tecla que no sea para acelerar el desplazamiento por
factor especificado.

· Haga clic izquierdo y arrastre la cruz amarilla en el cuadrado para moverse a lo largo de la secuencia. Derecha
haga clic en la referencia para resaltar una columna.

Utilice maqview en línea utilizando los servicios de onworks.net