Este es el comando mcmc_analysis que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
mcmc_analysis - Análisis del MCMC
SINOPSIS
análisis_mcmc [CAMPUS] Datos de MCMC ...
DESCRIPCIÓN
Este programa lee la salida de MCMC, de uno o varios archivos, de programas en el BEEP
paquete. Es importante que las mismas columnas estén presentes en cada archivo de entrada.
Formato de entrada:
Salida de iteraciones de MCMC en el formato
donde
es el logaritmo de la probabilidad en formato flotante
es un espacio en blanco de tabulación que separa los campos
es un número entero para el ordinal de la iteración
es una lista de campos separados por punto y coma que contiene
los parámetros del MCMC.
Los parámetros de MCMC se escriben y se les da nombres en la primera línea del archivo,
que está en el formato
# L norte [ ( )] +
Los nombres deben ser únicos, pero no tienen por qué serlo. los es uno
of
flotar
flotar
entero
árbol
ortología
y se utiliza para inferir cómo analizar y analizar el resto de las líneas.
Formato de salida:
Un informe sobre la ejecución de MCMC, con estimaciones posteriores de los parámetros.
CAMPUS
-b [FLOAT | INT]
El porcentaje (0 <= x <1), o el número de (x es un número entero> = 1) de la entrada a ser
descartado como quemado. Predeterminado: 0.1.
-p CADENA
Trace el parámetro denominado . La salida es de dos columnas, el número de iteración y
el valor del parámetro en la iteración.
-i CADENA
Ignore el parámetro nombrado. Consulte la línea de encabezado en la salida de MCMC para ver los nombres de las columnas. usted
puede nombrar varias columnas a la vez usando un formato delimitado por comas, (por ejemplo, -i
Longitud, Nombre). No se permiten espacios entre los nombres de las columnas.
-t Salida de LaTex para el análisis.
-l Cuente e informe el número de muestras en el archivo de entrada.
-mp NT El número máximo de puntos para trazar.
-sp Indique explícitamente puntos en las parcelas.
-coda Archivo de salida para el paquete CODA en R
-codaárboles
Igual que -coda, pero incluye parámetros de árbol. Cada árbol se genera como un ID de número entero
(orden de visita en cadena, 1,2, ...). Asegúrate de usar -i para ocultar los árboles
que contiene longitudes / tiempos / tasas.
-P Cadenas paralelas. Esto implica que se enumeran varios archivos de muestras (paralelas).
Enlance
La página de inicio de prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
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