Este es el comando meryl que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
meryl - recuento y utilidades de kmer dentro y fuera del núcleo
SINOPSIS
Estimando memoria requisitos
meryl -P -m tamaño kmer [-c #] [-p] -s seq.fasta
meryl -P -m tamaño kmer [-c #] [-p] -n mercenario
Construir la a mesa
meryl -B -m tamaño kmer [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L minocurrencia] [-U máxima ocurrencia]
[-hilos n | {-segmentos segmentos | -memoria megabytes} [-configbatch [-sge nombre de trabajo]]]
-s seq.fasta -o prefijotbl
meryl -contenedor número [-sgebuild "qsubopcióncadena"] -o prefijotbl
meryl -mergebatch número [-sgemerge "qsubopcióncadena"] -o prefijotbl
Realización operaciones on a mesa
meryl -M Inteligente [-v] -s prefijotbl [-s prefijotbl2 ...] -o salida
Dumping a mesa
meryl -Dh -s prefijotbl
meryl -Dt -n conteo mínimo -s prefijotbl
DESCRIPCIÓN
meryl calcula el contenido kmer de secuencias genómicas. El contenido de Kmer se representa como
lista de kmers y el número de veces que aparece cada uno en las secuencias de entrada. El kmer puede ser
restringido a sólo el kmer directo, sólo el kmer inverso, o el kmer canónico
(lexicográficamente más pequeño de los kmer hacia adelante y hacia atrás en cada ubicación). Meryl podemos
informar el histograma de recuentos, la lista de kmers y sus recuentos, o puede realizar
operaciones matemáticas y de conjuntos en los archivos de datos procesados.
La salida de meryl son dos archivos binarios, llamados base de datos meryl, que pueden ser rápidamente
volcado para proporcionar un histograma de recuentos, o los recuentos reales. Se proporciona una biblioteca C ++
para acceder directamente a los archivos.
CAMPUS
-P Estime los requisitos de memoria. Dado un archivo de secuencia (-s) o un límite superior en el
número de mers en el archivo (-n), calcule el tamaño de la tabla (-t en construcción) para minimizar
el uso de la memoria. Este modo reconoce las siguientes opciones:
-m # tamaño de un mer (requerido)
-c # compresión de homopolímero (opcional)
-p habilitar posiciones
-s seq.fasta
Archivo de secuencia a escanear para determinar el número de meros
-n # calcular params asumiendo un archivo con tantos mers en él
Solo uno de -s, -n necesita ser especificado. Si se dan ambos, -s tiene prioridad.
-B Calcule las tablas de recuento de meros dado un archivo de secuencia (-s) y muchos parámetros. Por
por defecto, se procesan ambos hilos.
-f solo construir para la hebra delantera
-r solo construir para la hebra inversa
-C use mers canónicos (asume ambos hilos)
-L # NO guarde mers que ocurren menos de # veces
-U # NO guarde mers que ocurren más de # veces
-m # tamaño de un mer (requerido)
-c # compresión de homopolímero (opcional)
-p habilitar posiciones
-s seq.fasta
secuencia para construir la mesa para
-o prefijotbl
prefijo de la tabla de salida
-v entretener al usuario
El meryl el proceso puede ejecutarse en un lote de memoria grande, en muchos lotes de memoria pequeños,
o bajo el control de SGE, todos con o sin el uso de múltiples núcleos de CPU. Por defecto,
el cálculo se realiza como un gran proceso secuencial. Operación multiproceso
es posible, con un gasto de memoria adicional, como es la operación segmentada, con un costo adicional
Gastos de E / S.
Roscado Inteligente
Divida el conteo en n piezas de tamaño casi igual. Esto usa un extra
h MB (desde -P) por hilo.
-hilos n
utilizan el n hilos para construir
Segmentario, secuencial Inteligente
Divida el recuento en piezas que no quepan en más de m MB de
memoria, o en n piezas de igual tamaño. Cada pieza se calcula secuencialmente,
y los resultados se fusionan al final. Solo uno de -memoria y -segmentos is
necesario.
-memoria m
usar como máximo m MB de memoria por segmento
-segmentos n
utilizan el n segmentos
Segmentario, por lotes Inteligente
Igual que secuencial, excepto que esto permite que cada segmento se ejecute manualmente
en paralelo. Solo uno de -memoria y -segmentos es necesario. También vea el
EJEMPLO sección en esta página.
-memoria m
usar como máximo m MB de memoria por segmento
-segmentos n
utilizan el n segmentos
-configbatch
crear los lotes
-contenedor n
ejecutar el número de lote n
-mergebatch
fusionar los lotes
El modo por lotes puede ejecutarse en la red.
-sge nombre de trabajo
nombre de trabajo exclusivo para esta ejecución. Meryl enviará trabajos con nombre
mpnombre de trabajo, Carolina del Nortenombre de trabajo, nortenombre de trabajo, para las fases preparar, contar y fusionar.
-sgebuild "opciones"
-sgemerge "opciones"
cualquier opción adicional para qsub(1) (p. Ej., "-P -153 -Educación física hilo 2 -A
merylaccount ") NB - -N será ignorado NB - asegúrese de citar el
opciones
-M Dada una lista de tablas, realice una operación matemática, lógica o de umbral. A no ser que
especificado, todas las operaciones toman cualquier número de bases de datos. Las operaciones matemáticas son:
min count es el recuento mínimo para todas las bases de datos. Si el mer NO existe en
todas las bases de datos, el mer tiene un recuento cero y NO está en la salida.
minexista
count es el recuento mínimo para todas las bases de datos que contienen el mer
max count es el conteo máximo para todas las bases de datos
add el recuento es la suma de los recuentos de todas las bases de datos
por debajo el recuento es el primero menos el segundo (solo binario)
abs el recuento es el valor absoluto del primero menos el segundo (solo binario)
Las operaciones lógicas son:
y salidas mer si existe en todas las bases de datos
nand salidas mer si existe en al menos una, pero no en todas, las bases de datos
or salidas mer si existe en al menos una base de datos
xor salidas mer si existe en un número impar de bases de datos
Las operaciones de umbral son:
menos que x
salidas mer si tiene cuenta <x
menor o igual x
salidas mer si tiene recuento <= x
mas grande que x
salidas mer si tiene recuento> x
mayor que o igual x
salidas mer si tiene cuenta> = x
igual x
salidas mer si tiene cuenta == x
Las operaciones de umbral funcionan exactamente en una base de datos.
-s prefijotbl
utilizan el prefijotbl como base de datos
-o prefijotbl
crear esta salida
-v entretener al usuario
-D Mesa de volcado (no todos estos funcionan)
-dd Vierta un histograma de la distancia entre los mismos meros.
-Dt Volcadores> = un umbral. Usar -n para especificar el umbral.
-Corriente continua Cuente el número de mers, mers distintos y mers únicos.
-Dh Volcar (a la salida estándar) un histograma de recuentos de meros.
-s Lea la tabla de recuento desde aquí (deje fuera el .mcdat o .mcidx).
EJEMPLO
Lote creación of a mesa
Inicialice el cálculo con -configbatch, que necesita todas las opciones de construcción. Ejecutar todo
-contenedor trabajos, entonces -mergebatch para completar.
meryl -configbatch -B [opciones] -o presentar
meryl -contenedor 0 -o presentar
meryl -contenedor 1 -o presentar
...
meryl -contenedor N -o presentar
meryl -mergebatch N -o presentar
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