mia-3dbrainextractT1: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

mia-3dbrainextractT1: extrae el cerebro de una imagen de la cabeza de MRI 3D T1.

SINOPSIS

mia-3dbrainextractT1 -i -o [opciones]

DESCRIPCIÓN

mia-3dbrainextractT1 Este programa se utiliza para extraer el cerebro a partir de imágenes de RM T1. Es primero
ejecuta un agrupamiento difuso c-means combinado y corrección de campo B para facilitar un 3D
segmentación de imagen 3D. Luego se ejecutan varios fiters para obtener una sustancia blanca
segmentación como máscara inicial que luego se utiliza para ejecutar una región que crece para obtener una máscara de
todo el cerebro. Finalmente, esta máscara se usa para extraer el cerebro del campo B0
imágenes corregidas.

CAMPUS

-i --in-file = (entrada, obligatorio); io
imagen (s) de entrada para segmentar Para los tipos de archivo admitidos, consulte
PLUGINS: 3dimage / io

-o --out-file = (salida, obligatorio); io
máscara cerebral Para conocer los tipos de archivos admitidos, consulte PLUGINS: 3dimage / io

-n --no-de-clases = 3
número de clases número de clases

-w - clase-wm = 2
índice de materia blanca índice de materia blanca

-p --wm-prob = 0.7
probabilidad de clase de materia blanca para la creación inicial de la máscara
probabilidad de creación de máscara inicial

-t - umbral de crecimiento = 20
umbral de intensidad para el crecimiento de la región umbral de intensidad para el crecimiento de la región

- forma de crecimiento = 18n
región de máscara de barrio creciente

Ayuda & Info
-V --verbose = advertencia
verbosidad de la salida, imprimir mensajes de nivel dado y prioridades más altas.
Las prioridades admitidas que comienzan en el nivel más bajo son:
info - Mensajes de bajo nivel
rastrear - Seguimiento de llamadas a funciones
fallar - Informar fallas en las pruebas
advertencia - Advertencias
error - Informar errores
depurar - Salida de depuración
mensaje - Mensajes normales
fatal - Informar solo errores fatales

--derechos de autor
imprimir información de derechos de autor

-h --ayuda
imprime esta ayuda

-? --uso
imprimir una breve ayuda

--versión
imprima el número de versión y salga

Procesamiento
--threads = -1
Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, este número debe ser menor
o igual al número de núcleos de procesador lógico en la máquina. (-1:
estimación automática) .Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, esto
El número debe ser menor o igual al número de núcleos de procesador lógico en
la máquina. (-1: estimación automática).

COMPLEMENTOS: 3dimage / io

analizar Analizar imagen 7.5

Extensiones de archivo reconocidas: .HDR, .hdr

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits firmados, 32 bits firmados, coma flotante 32 bits,
coma flotante de 64 bits

grupo de datos E / S virtual hacia y desde el grupo de datos interno

Extensiones de archivo reconocidas:. @

dicom Serie de imágenes Dicom en 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .DCM, .dcm

Tipos de elementos admitidos:
16 bits firmados, 16 bits sin firmar

hdf5 E / S de imagen HDF5 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .H5, .h5

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, flotantes
punto de 32 bits, punto flotante de 64 bits

inría Imagen INRIA

Extensiones de archivo reconocidas: .INR, .inr

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

mhd E / S de imagen MetaIO 3D utilizando la implementación VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

ingenioso E / S de imagen 1D NIFTI-3

Extensiones de archivo reconocidas: .NII, .nii

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, coma flotante 32
bit, coma flotante 64 bit

vff Formato ráster VFF Sun

Extensiones de archivo reconocidas: .VFF, .vff

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits con signo

vista Vista 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
poco

vti Entrada y salida de imagen 3D VTK-XML (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTI, .vti

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

vtk Entrada y salida heredada de imágenes 3D VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
poco

EJEMPLO

Cree una máscara a partir de la imagen de entrada ejecutando una segmentación de 5 clases sobre la imagen inpt
input.vy use la clase 4 como clase de materia blanca y almacene la imagen enmascarada en masked.v y
la imagen corregida de campo B0 en b0.v

mia-3dbrainextractT1 -i entrada.v -n 5 -w 4 -o enmascarado.v

AUTOR (es)

Gert Wollny

DERECHOS DE AUTOR

Este software tiene Copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Alemania y Madrid, España. Viene
con ABSOLUTAMENTE NINGUNA GARANTÍA y puede redistribuirlo bajo los términos de GNU
LICENCIA PÚBLICA GENERAL Versión 3 (o posterior). Para obtener más información, ejecute el programa con el
opción '--copyright'.

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