Esta es la broma de comando que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
broma: calcula las alineaciones probabilísticas de secuencia múltiple
SINOPSIS
broma archivo_secuencia
broma [parámetros opcionales] -d =archivo_secuencia [parámetros opcionales]
DESCRIPCIÓN
El kit de alineación probabilística (PRANK) es un programa probabilístico de alineación múltiple para
Secuencias de ADN, codones y aminoácidos. Se basa en un algoritmo novedoso que trata
inserciones correctamente y evita la sobreestimación del número de eventos de eliminación.
Además, PRANK toma prestadas ideas de los métodos de máxima verosimilitud utilizados en filogenia y
tiene en cuenta correctamente las distancias evolutivas entre secuencias. Por último, BROMA
permite definir una estructura potencial para que las secuencias se alineen y luego,
simultáneamente con la alineación, predice la ubicación de las unidades estructurales en el
secuencias
OPCIONES
ENTRADA / SALIDA PARÁMETROS
-d =archivo_secuencia
El archivo de secuencia de entrada en formato FASTA.
-t =archivo_árbol
El archivo de árbol que se utilizará. Si no se configura, se genera un árbol NJ aproximado.
-o =archivo de salida
Establezca el nombre del archivo de salida. Si no está configurado, archivo de salida se establece a salida.
-f =formato de salida
Establece el formato de salida. formato de salida puede ser uno de rápido (Predeterminado), filipi,
philips, paml o nexo.
-m =archivo_modelo
El archivo de modelo que se utilizará. Si no está configurado, archivo_modelo se establece a HKY2 / WAG.
-apoyo
Calcule el soporte posterior.
-mostrarxml
Archivo xml de alineación de salida.
-showtree
Árbol guía de alineación de salida.
-showanc
Salida de secuencias ancestrales.
-mostrar todo
Salida de todos estos.
-noancros
No utilice el anclaje exonerado. (Exonerar que se instale por separado).
-nomafft
No utilice MAFFT como árbol guía. (MAFFT se instalará por separado).
-njtree Estimar el árbol a partir de una alineación de entrada (y realinear).
-nombres cortos
Truncar nombres en el primer carácter de espacio.
-tranquilo Reducir la producción.
ALINEACIÓN UNIR
-d1 =archivo_alineación
El primer archivo de alineación de entrada en formato FASTA.
-d2 =archivo_alineación
El segundo archivo de alineación de entrada en formato FASTA.
-t1 =archivo_árbol
El archivo de árbol para la primera alineación. Si no está armado, un árbol de NJ
generado.
-t2 =archivo_árbol
El archivo de árbol para la segunda alineación. Si no está armado, un árbol de NJ
generado.
MODELO PARÁMETROS
-F, +F Obligar a que las inserciones se omitan siempre.
-gaprate =#
Establezca la tasa de apertura de la brecha. El valor predeterminado es 0.025 para ADN y 0.005 para proteínas.
-gapext =#
Establezca la probabilidad de extensión de la brecha. El valor predeterminado es 0.75 para ADN y 0.5 para
proteínas.
-codón Utilice un modelo de codón empírico para codificar el ADN.
-ADN, -proteína
Utilice el modelo de ADN o proteína, respectivamente. Desactiva la detección automática del modelo.
-termgap
Penalizar los huecos terminales normalmente.
-nomiendo
No faltan datos. Usar -F para huecos terminales.
-guardar No elimine los espacios en las secuencias prealineadas.
OTROS PARÁMETROS
-fabeto = #
Rondas de iteración de realineación; de forma predeterminada, iterar cinco veces y mantener el mejor
resultado.
-una vez Ejecutar solo una vez. Lo mismo que -fabeto = 1.
-poda
Pode las ramas de los árboles guía sin datos de secuencia.
-prundata
Pode los datos de la secuencia sin hojas de árboles guía.
-uselogs
Más lento, pero debería funcionar para un mayor número de secuencias.
-traducir
Traducir los datos de entrada a secuencias de proteínas.
-mttranslate
Traducir los datos de entrada a la secuencia de proteínas utilizando la tabla mt.
-convertir
No alinee, simplemente conviértalo a un formato diferente.
-dna =archivo_secuencia_adn
Archivo de secuencia de ADN para la retrotraducción de la alineación de proteínas.
-ayuda Muestra una página de ayuda ampliada con más opciones.
-versión
Muestra la versión y busca actualizaciones.
AUTORES
broma fue escrito por Ari Loytynoja.
Esta página de manual fue escrita originalmente por Manuel Prinz[email protected]> para Debian
proyecto (y puede ser utilizado por otros).
Use broma en línea usando los servicios de onworks.net
