Este es el comando suitename que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
suitename: categoriza cada suite en una columna vertebral de ARN como perteneciente a una de las 53
tipos definidos o como atípicos
SINOPSIS
nombre del traje -banderas stdout
DESCRIPCIÓN
Suitename es un programa que respalda el ARN de consenso del ROC RNA Ontology Consortium
nomenclatura de la columna vertebral y desarrollo de listas de conformadores.
A partir de la entrada de ángulo diedro para una estructura de ARN específica (generalmente de Dangle), Suitename
categoriza la geometría de la columna vertebral de ARN de cada suite (la versión de azúcar a azúcar de un
residuo) ya sea como un valor atípico ("!!") o como perteneciente a uno de los 53 conformadores definidos
contenedores. El resultado es un informe de una línea por suite o una cadena de conformador lineal (como
que se muestra debajo de la imagen aquí) en uno de varios formatos variantes. Suitename está integrado en
MolProbity, que produce entradas en el gráfico de criterios múltiples para un modelo de ARN y también un
archivo suitestring.
OPCIONES
indicadores de salida: [ -informe || -cuerda || -imagen cinematográfica ]
por defecto: -informe -residuos
banderas de entrada: [ -residuos || -suitein ]
banderas: [ -residuos [ -campos de ID de punto #]] predeterminado # == 6
O banderas: [ -suitein [ -campos angulares #]] predeterminado # == 9
valores predeterminados: -residuos -campos de ID de punto 6 como hecho por cuelga
cuelga "alfa, beta, gamma, delta, épsilon, zeta" in.pdb> out.dngl
etiqueta: modelo: cadena: número: ins: tipo: alfa: beta: gamma: delta:
épsilon: zeta
-suitein presupone registros de puntos de un kinemage {pointID} 7 o 9 campos angulares {ptID}
[chi] deltam épsilon zeta alfa beta gamma delta [chi]
Tenga en cuenta que todas las demás líneas de kinemage deben eliminarse.
-thetaeta kinemage etiqueta theta, eta en lugar de chi-1, chi
Tenga en cuenta el truco colgante para hacer suites theta, ..., eta directamente
bandera: -informe [ -gráfico ] suites en orden de entrada, resumen de suite al final
( -gráfico : SIN resumen al final, para MolProbity multichart)
bandera: -cuerda Cadena de 3 caracteres por suite en orden de entrada
20 por línea, ptID de n * 20 al final de la línea
bandera: -nosecuencia solo nombres de suite, sin carácter de secuencia base
bandera: -una línea cadena toda una línea, sin ID de puntos
bandera: -superposición 20 por línea: superposición de 10 en cada línea, 10 nuevos por línea
bandera: -imagen cinematográfica cinemaje de grupos agrupados por fruncido, fruncido ...
grupo {delta, delta}, subgrupo {gamma}, lista {nombre del clúster} asigna a designado
clústeres de aspirantes, predeterminado: aspirante
bandera: -noquiero ser para no asignarlos
[ -poder #. #] predeterminado # 3.00 cálculo de distancia multidimensional
[ -prueba ] volcar centros de clúster, anchos medios, ... a stderr
versión de los promedios del clúster: 070506
versión de ancho medio de clúster: 070328
versión de límites de ejes: 070326
suitename no está prestando atención a las cadenas ...
Use suitename en línea usando los servicios de onworks.net
