Este es el comando velvetg_de que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
velvetg_de - Construcción de gráficos de Bruijn, eliminación de errores y resolución de repetición (espacio de color
versión)
DESCRIPCIÓN
Uso: directorio ./velvetg [opciones]
directorio
: nombre del directorio de trabajo
Estándar opciones:
-cov_corte
: eliminación de nodos de baja cobertura DESPUÉS del bus turístico o permitir que el sistema lo infiera
(predeterminado: sin eliminación)
-ins_longitud
: distancia esperada entre dos lecturas finales emparejadas (predeterminado: sin emparejamiento de lectura)
-read_trkg
: seguimiento de posiciones de lectura cortas en el montaje (predeterminado: sin seguimiento)
-min_contig_longitud
: longitud de contig mínima exportada al archivo contigs.fa (predeterminado: longitud de hash * 2)
-amos_archivo
: exportar ensamblado a archivo AMOS (predeterminado: no exportar)
-exp_cov
: cobertura esperada de regiones únicas o permitir que el sistema la infiera
(predeterminado: sin resolución de lectura larga o emparejada)
-long_cov_cutoff : eliminación de nodos con baja cobertura de lectura larga DESPUÉS del recorrido
horarios
(predeterminado: sin eliminación)
Avanzada opciones:
-ins_longitud*
: distancia esperada entre dos lecturas del extremo emparejado en la lectura corta respectiva
conjunto de datos (predeterminado: sin emparejamiento de lectura)
-ins_length_long
: distancia esperada entre dos lecturas largas emparejadas (predeterminado: sin emparejamiento de lectura)
-ins_longitud*_Dakota del Sur
: desviación estándar est. del conjunto de datos respectivo (predeterminado: 10% del correspondiente
largo)
[reemplace '*' por nada, '2' o '_long' según sea necesario]
-andamio
: andamio de contigs utilizó información de extremo emparejado (predeterminado: activado)
-Max_branch_length
: longitud máxima en el par base de la burbuja (predeterminado: 100)
-máx_divergencia : tasa máxima de divergencia entre dos ramas en una burbuja
(predeterminado: 0.2)
-max_gap_count
: número máximo de espacios permitidos en la alineación de las dos ramas de una burbuja
(predeterminado: 3)
-min_pair_count
: número mínimo de conexiones finales emparejadas para justificar el andamio de dos
contigs (predeterminado: 5)
-max_cobertura
: eliminación de nodos de alta cobertura DESPUÉS del autobús turístico (predeterminado: no eliminación)
-mascara_cobertura
: cobertura mínima requerida para regiones seguras de contigs (predeterminado: 1)
-long_mult_cutoff
: número mínimo de lecturas largas necesarias para fusionar contigs (predeterminado: 2)
-lecturas_no utilizadas
: exportar lecturas no utilizadas en el archivo UnusedReads.fa (predeterminado: no)
-alineaciones
: exporta un resumen de la alineación contig a las secuencias de referencia (predeterminado: no)
-exportarFiltrado
: exporta los nodos largos que fueron eliminados por los filtros de cobertura (predeterminado: no)
-limpiar
: elimina todos los archivos intermedios que no sirven para recalcular (predeterminado:
No)
-muy limpio
: elimina todos los archivos intermedios (no es posible volver a calcular) (predeterminado: no)
-pared_exp_fraction
: elimine todas las conexiones finales emparejadas que sean inferiores a la fracción especificada de
el recuento esperado (predeterminado: 0.1)
-shortMateEmparejado*
: para bibliotecas de pares de parejas, indique que la biblioteca podría estar contaminada con
lecturas de pares (no predeterminado)
-conservar largo
: conserva secuencias con lecturas largas en ellas (no predeterminado)
Salida:
directorio / contigs.fa
: archivo fasta de contigs de más de dos veces la longitud del hash
directorio / stats.txt
: archivo de estadísticas (espaciado por tabulaciones) útil para determinar el límite de cobertura apropiado
directorio / LastGraph
: archivo con formato especial con toda la información del gráfico final
directorio / velvet_asm.afg
: (si se solicita) archivo de ensamblaje compatible con AMOS
Use velvetg_de en línea usando los servicios de onworks.net
