Este es el comando viewmol que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
viewmol: una interfaz gráfica para programas de química computacional
SINOPSIS
vistamol
DESCRIPCIÓN
vistamol es una interfaz gráfica para programas de química computacional. Es capaz de
ayudar gráficamente en la generación de estructuras moleculares para cálculos y para
visualizar sus resultados. Las capacidades del programa incluyen:
· Construcción y edición de moléculas
· Visualización de la geometría de una molécula
· Trazado de una optimización geométrica o una trayectoria MD
· Animación de vibraciones normales o para mostrarlas como flechas
· Dibujo de espectros de dispersión de neutrones inelásticos, Raman e IR
· Dibujo de un diagrama de nivel de energía o densidad de estados de MO
· Dibujo de funciones básicas, orbitales moleculares y densidades de electrones
· Visualización de las fuerzas que actúan sobre cada átomo en una determinada configuración
· Visualización de planos Miller en cristales
· Cálculo de propiedades termodinámicas de moléculas y reacciones.
· Dibujos generados por vistamol se puede guardar como archivos TIFF, HPGL o PostScript
· Las animaciones de los modos normales se pueden convertir a un archivo de video (MPEG), por ejemplo, para su inclusión
en documentos de la World Wide Web (requiere programas adicionales disponibles en Internet)
· Interfaz con el programa de trazado de rayos gratuito SOMBRA DE RAYOS (generación de archivos de entrada y uso de
SOMBRA DE RAYOS desde adentro vistamol)
· Entrada y salida en una variedad de formatos, el usuario puede agregar fácilmente nuevos formatos
vistamol incluye un intérprete de Python para la automatización.
En el presente vistamol incluye filtros de entrada para DESCUBRE, DMOL, JUEGO, GAUSSIANO 9X, GULP,
MOPAC y TURBOMOL salidas, así como para archivos PDB (vistamol por lo tanto, es adecuado como un
visor de datos estructurales en la World Wide Web). Las estructuras se pueden guardar como carros MSI.
archivos, archivos MDL y TURBOMOL coordinar archivos. vistamolEl formato de archivo de se ha agregado a
BABEL para que BABEL puede servir como entrada y como filtro de salida para coordenadas.
vistamol admite una bola espacial como dispositivo de entrada.
Los programas de soporte para convertir hacia y desde los diversos tipos de archivos de coordenadas pueden
potencialmente ser útil como utilidades independientes. Se dividen entre / usr / share / viewmol
(scripts) y / usr / lib / viewmol (binarios de C), pero la documentación individual para ellos no es
para todos.
Use viewmol en línea usando los servicios de onworks.net
