Esta es la aplicación de Linux llamada BIRAP cuya última versión se puede descargar como Sample_Files.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada BIRAP con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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BIRAP
DESCRIPCIÓN
BIRAP (tubería de análisis de la región intergénica bacteriana) es una tubería Perl de código abierto y fácil de usar que se puede usar para volver a anotar genomas bacterianos usando datos experimentales. La herramienta integra el perfil de expresión derivado de RNA-seq y/o proteogenómica, lo compara con la anotación in silico existente y ayuda a validar la anotación, identificar nuevas regiones codificantes de proteínas, ARN no codificante putativo y ayudar a corregir errores en la anotación existente. . La canalización requiere una salida de "apilamiento" de SAMtools para datos de RNA-seq y archivo de locus de péptidos/ePST (GFF) de la herramienta Proteogenomic Mapping para datos de proteogenómica junto con el genoma y la anotación in silico existente. Cuando se proporciona información sobre el lugar de los promotores y terminadores en el genoma (en formato .coords), la canalización también ayudará a identificar el ARN no codificante.
Caracteristicas
- análisis de regiones intergénicas de genomas bacterianos
- re-anotación de genomas bacterianos
- Detección de ARN pequeño (ARNs)
- Secuencia de ARN
- proteogenómica
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Consola / Terminal, línea de comandos
Lenguaje de programación
Perl
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/birap/. Ha sido alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
