Esta es la aplicación de Linux llamada fcGENE: convertidor de formato de genotipo cuya última versión se puede descargar como fcgene-1.0.7.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada fcGENE: conversor de formato de genotipo con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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fcGENE: conversor de formato de genotipo
DESCRIPCIÓN
La aplicación principal es doble: primero para convertir datos de genotipo SNP en formatos de diferentes herramientas de imputación como PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE y BIMBBAM, segundo para transformar datos imputados en diferentes formatos de archivo como PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT y SNPTEST.Formatos de archivo legibles: plink-pedigree (ped y map), plink-raw, plink-dose, mach, minimac, impute, snptest, beagle y bimbam. Asimismo, también se aceptan todo tipo de imputación de resultados.
Formatos que pueden ser generados por fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-dose, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs y bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
Aplicación adicional:
-? obtención de plantillas de comandos de imputación necesarios y comandos de otra herramienta de imputación
- Control de calidad según MAF, HWE & CALLRATE.
palabras clave: transformación de genotipo, conversión de formato de genotipo, salida de imputación, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
Caracteristicas
- puede realizar un control de calidad individual y a nivel de SNP y puede filtrar a los SNP y a las personas descalificadas mientras se transforman los datos
- puede realizar una conversión de formato bidireccional de datos de genotipo SNP (por ejemplo, PLINK -> herramienta de imputación y herramientas de imputación -> PLINK). Puede leer y escribir archivos genealógicos y binarios en formato plink
- Puede filtrar los SNP impued sobre la base del puntaje de calidad de imputación.
- puede generar plantillas de comandos herramientas de análisis GWA
- convierte los datos del genotipo del formato de una herramienta de imputación a otra.
- Transformación de referencias de imputación a formato plink. Esto ayuda a comparar los datos del genotipo con el panel de referencia.
- Puede crear datos snp en formato GenABEL a partir de los datos proporcionados originalmente en otros formatos diferentes.
- puede generar archivos con formato diferente que contienen dosis esperadas de frecuencia de alelos menores
- muy útil para los investigadores que trabajan en el área de la genética estadística.
- escrito en c ++, uso de contenedores STL
- puede leer y escribir archivos comprimidos gezip
- puede calcular FST con el comando --fst
- Puede leer y escribir datos de genotipos estándar con recuentos de alelos y dosis de alelos.
- puede crear archivos en formato vcf utilizados para BEAGLE4
Lenguaje de programación
C + +
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/fcgene/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
