Esta es la aplicación de Linux llamada GMcloser cuya última versión se puede descargar como GMcloser-1.6.2.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada GMcloser con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
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DESCRIPCIÓN
GMcloser llena y cierra los huecos presentes en los ensambles de andamios, especialmente los generados por el ensamblaje de novo de genomas completos con lecturas de secuenciación de próxima generación (NGS). A diferencia de otras herramientas de cierre de brechas que usan solo lecturas NGS, GMcloser usa conjuntos de contig preensamblados o conjuntos de lectura larga como secuencias para cerrar brechas y usa lecturas de extremo emparejado (PE) y un algoritmo basado en verosimilitud para mejorar la precisión y eficiencia de la brecha cierre. La eficacia del cierre de la brecha puede aumentarse mediante tratamientos sucesivos con diferentes conjuntos de contig.Un paquete acompañado, GMvalue, es una herramienta para determinar los sitios de ensamblaje incorrecto en contigs y andamios. A diferencia de otras herramientas relacionadas, GMvalue puede definir categorías de ensamblaje incorrecto con varias opciones y se puede aplicar a ensamblajes de un genoma de gran tamaño. Al usar la opción -e, GMvalue también genera ensamblajes sin errores al dividir o corregir ensamblajes incorrectos.
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/gmcloser/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
