Esta es la aplicación de Linux llamada kallisto cuya última versión se puede descargar como kallisto_windows-v0.50.0.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada kallisto con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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calisto
DESCRIPCIÓN
kallisto es un programa para la cuantificación casi óptima de la abundancia de transcritos a partir de datos de RNA-Seq o, de manera más general, de secuencias objetivo mediante lecturas de secuenciación de alto rendimiento. Se basa en la idea de utilizar la pseudoalineación para determinar rápidamente la compatibilidad de las lecturas y los objetivos, sin necesidad de alineación.
De acuerdo con los puntos de referencia realizados en una computadora de escritorio Mac, kallisto puede cuantificar 30 millones de lecturas masivas de RNA-seq humanas en menos de 3 minutos con solo las secuencias de lectura y un índice de transcriptoma, que en sí mismo puede demorar más de 10 minutos en construirse. Y dado que utiliza pseudoalineación, es resistente a errores en las lecturas y conserva la información clave necesaria para la cuantificación. Esto hace que kallisto no solo sea rápido sino también muy preciso. En muchos puntos de referencia, incluso supera con creces a las herramientas existentes.
Caracteristicas
- Utiliza pseudoalineación
- Rápido y preciso
- El RNA-Seq a granel cuantificado se puede analizar con inteligencia
- Se puede usar con bustools para preprocesar datos de RNA-seq de una sola célula
Lenguaje de programación
C
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener desde https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. Ha sido alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
