Esta es la aplicación de Linux llamada miRDP2 para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como miRDP2-v1.1.4.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada miRDP2 para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
miRDP2 para ejecutarse en Linux en línea
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DESCRIPCIÓN
miRDeep-P2 (miRDP2) está desarrollado para analizar con precisión y rapidez el transcriptoma de microARN (miARN) en plantas. Se adoptó de miRDeep-P (miRDP) con nuevas estrategias y algoritmo revisado. Hemos probado miRDP2 para analizar transcriptomas de miARN en plantas con un tamaño genómico aumentado gradualmente como Arabidopsis, arroz, tomate, maíz y trigo. En comparación con miRDeep-P y varias otras herramientas computacionales, miRDP2 procesó datos NGS con una velocidad superior. Al incorporar criterios de anotación de miARN de plantas recientemente actualizados, la precisión de miRDP2 también se mejora notablemente. Nuestros resultados demuestran que miRDP2 es una herramienta rápida y precisa para analizar el transcriptoma de miARN en plantas.Referencia: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
Caracteristicas
- pequeño ARN
- microARN (miARN）
- Secuenciación de próxima generación (NGS)
- Perl
Audiencia
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
Perl
Entorno de base de datos
Perl DBI / DBD
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/mirdp2/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
