Esta es la aplicación de Linux llamada RGAAT para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como RGAAT.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada RGAAT para ejecutarla en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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RGAAT para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
Este programa puede ensamblar y / o anotar el genoma para un nuevo genoma y una actualización del genoma conocido utilizando un archivo de alineación de secuencia (formato SAM o BAM), un archivo de secuencia variable (formato VCF o una tabla de cinco colores (delimitado por tabulaciones, incluido el cromosoma, la posición, la identificación, la referencia) alelo y alelo alternativo)) o archivo de secuencia de genoma nuevo (formato FASTA) basado en el archivo de secuencia de genoma de referencia (formato FASTA) y archivo de anotación (formato TBL, GTF, GFF, GFF3 o BED).Caracteristicas
- identificación de variación de secuencia
- construcción de secuencia de consenso del genoma
- modificación del genoma
- comparación del genoma
- anotación del genoma
- construcción de la conversión de coordenadas del genoma entre diferentes versiones de ensamblaje del genoma
Audiencia
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
Perl
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/rgaat/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
