Esta es la aplicación de Windows llamada LoopMatcher cuya última versión se puede descargar como loopmatcher1.3.3.rar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada LoopMatcher con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
SCREENSHOTS
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Coincidencia de bucles
DESCRIPCIÓN
LoopMatcher es una herramienta bioinformática que busca estructuras de horquilla en secuencias de cDNA/mRNA (en formato FASTA, GenBank o Vienna) con secuencias de consenso específicas en el bucle. Utiliza RNAfold para predecir la estructura de la secuencia y UShuffle para generar secuencias aleatorias con una frecuencia definida de k nucleótidos. Además, las secuencias en formato GenBank se pueden descargar directamente desde NCBI usando la identificación de acceso de NCBI.
Requisitos
JAVA Runtime 8. Es muy recomendable tener un procesador multinúcleo para procesar secuencias grandes.
* Actualmente, esta versión solo se ejecuta en Windows x64.
Caracteristicas
- Soporte para archivos de formato GenBank, FASTA y Vienna
- Procesar uno o varios archivos
- Obtener y procesar secuencias de NCBI
- Busque múltiples patrones utilizando el código FASTA IUPAC para nucleótidos
- Genere versiones barajadas con un parámetro k-let (algoritmo Ushuffle)
- Resultados en una tabla de formato CSV
- Dos modos de plegado, localizado o global (secuencia completa)
- Plegable con RNAFold (estructura mínima de energía libre)
Público
Ciencia / Investigación, Educación
Interfaz de usuario
Swing de Java
Lenguaje de programación
Java
Entorno de base de datos
Archivo plano
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/find-a-loop/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
