این دستور andi است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
andi - فاصله تکاملی را تخمین می زند
خلاصه
اندی [-jlv] [-b INT] [-p شناور] [-m MODEL] [-t INT] فایل ها...
شرح
اندی فاصله تکاملی بین ژنوم های نزدیک به هم را تخمین می زند. برای این اندی
دنباله های ورودی را می خواند FASTA فایل می کند و فاصله لنگر زوجی را محاسبه می کند. در
ایده پشت این موضوع در مقاله ای توسط Haubold و همکاران توضیح داده شده است. (پایین را ببینید).
OUTPUT
خروجی یک ماتریس فاصله متقارن در است فیلیپ فرمت، با هر ورودی نشان دهنده
واگرایی با عدد واقعی مثبت فاصله صفر به این معنی است که دو دنباله هستند
یکسان است، در حالی که مقادیر دیگر تخمینی برای نرخ جایگزینی نوکلئوتید هستند (Jukes-
کانتور تصحیح کرد). به دلایل فنی ممکن است مقایسه با شکست مواجه شود و هیچ تخمینی نمی تواند انجام شود
محاسبه شده است. در اینگونه موارد نان چاپ می شود. این یا به این معنی است که توالی های ورودی بودند
خیلی کوتاه (<200bp) یا خیلی متنوع (K>0.5) برای اینکه روش ما به درستی کار کند.
OPTIONS
-ب، -- بوت استرپ
محاسبه ماتریس فاصله چندگانه، با n-1 بوت استرپ از اول را ببینید
مقاله Klötzl & Haubold (2016، در بررسی) برای توضیح دقیق.
-j, --پیوستن
اگر هر کدام از شما از این حالت استفاده کنید FASTA فایل ها نشان دهنده یک مجموعه با تعداد زیادی هستند
contigs اندی سپس تمام دنباله های موجود در هر فایل را به عنوان یک واحد در نظر می گیرد
ژنوم در این حالت حداقل یک نام فایل باید از طریق خط فرمان ارائه شود
استدلال ها برای خروجی از نام فایل برای شناسایی هر دنباله استفاده می شود.
-l, --حافظه کم
در حالت چند رشته ای، اندی نیاز به حافظه خطی نسبت به تعداد رشته ها دارد. در
حالت حافظه کم این را به یک تقاضای ثابت مستقل از تعداد استفاده شده تغییر می دهد
از رشته ها متأسفانه، این هزینه زمان اجرا قابل توجهی دارد.
-m, --مدل
مدل‌های مختلف تکامل نوکلئوتید پشتیبانی می‌شوند. به طور پیش فرض Jukes-Cantor
تصحیح استفاده می شود.
-p
اهمیت یک جفت لنگر؛ پیش فرض: 0.05
-t
تعداد رشته های مورد استفاده؛ به طور پیش فرض، تمام پردازنده های موجود استفاده می شود.
Multithreading تنها در صورتی در دسترس است اندی با پشتیبانی OpenMP کامپایل شد.
-v, -- پرحرف
اطلاعات اضافی را چاپ می کند. برای پرحرفی بیشتر چند بار اعمال کنید.
-h, --کمک
خلاصه و توضیح گزینه های موجود را چاپ می کند.
- نسخه
اطلاعات نسخه و تأییدیه ها را خروجی می دهد.
کپی رایت
حق چاپ © 2014، 2015 مجوز فابیان کلوتزل GPLv3+: GNU GPL نسخه 3 یا بالاتر.
این نرم افزار رایگان است: شما می توانید آن را تغییر دهید و دوباره توزیع کنید. هیچ گارانتی وجود ندارد،
در حد مجاز قانون. متن کامل مجوز در دسترس است
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
قدردانی
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. and Pfaffelhuber, P. (2015). andi: سریع و دقیق
تخمین فواصل تکاملی بین ژنوم های نزدیک
2) الگوریتم ها: Ohlebusch, E. (2013). الگوریتم های بیوانفورماتیک تجزیه و تحلیل توالی، ژنوم
بازآرایی، و بازسازی فیلوژنتیک. ص 118f.
3) ساخت و ساز SA: Mori, Y. (2005). شرح کوتاه پسوند دو مرحله ای بهبود یافته
الگوریتم مرتب سازی http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
با استفاده از خدمات onworks.net از andi آنلاین استفاده کنید
