asn2ff - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

asn2ff - تبدیل داده های بیولوژیکی ASN.1 به فرمت مسطح (نسخه قدیمی)

خلاصه

asn2ff [-] [-A X] [-B X] [-C] [-G] [-L F] [-M] [-R] [-V F] [-a نام فایل] [-b] [-d] [-e]
[-f b/p/e/s/x/z] [-g] [-h F] [-k F] [-l نام فایل] [-m r/d/s/c/k/l/e/p] [-n F]
[-o نام فایل] [-p F] [-q] [-r نام فایل] [-s] [-t] [-v F] [-w] [-y] [-z]

شرح

asn2ff توصیف توالی های بیولوژیکی را از قالب ASN.1 NCBI به یکی از آنها تبدیل می کند
چندین فرمت فایل مسطح این برنامه حول یک رابط منسوخ ساخته شده است. لطفا
استفاده کنید asn2gb(1) به جای آن.

OPTIONS

خلاصه ای از گزینه ها در زیر آمده است.

- پیام مصرف چاپ

-A X نمایش منطقه با شروع در X (پیش فرض 0 است)

-B X نمایش منطقه که به پایان می رسد X (پیش فرض آخرین موقعیت است)

-C نمایش نظرات بانکیت

-G خروجی فقط در نمای ژنوم یک بیوسک برتر است

-L F از قالب خط LOCUS قدیمی (قبل از Genbank 127.0) استفاده کنید

-M خروجی فقط نقشه bioseqs است

-R برای انتشار بانک جن

-V F از VERSION استفاده نکنید

-a نام فایل
نام فایل برای ورودی ASN.1 (پیش‌فرض stdin است)

-b asnfile را در حالت باینری وارد کنید

-d از نمایه سازی SeqMgr استفاده کنید

-e ورودی یک ورودی متوالی است

-f b/p/e/s/x/z
فرمت خروجی:
b GenBank (پیش فرض)
p GenPept
e EMBL
s PseudoEMBL
x GenBankSelect
z EMBLPEPT

-g نمایش اعداد gi

-h F پنهان کردن دنباله

-k F از مجموعه های پیچیده (phy-set، mut-set، pop-set) استفاده نکنید.

-l نام فایل
ورود خطاها به نام فایل

-m r/d/s/c/k/l/e/p
حالت خروجی:
انتشار r (پیش‌فرض)
د تخلیه
s Sequin
c کروموسکوپ
k dir-sub-debug
l dir-sub
بازنگری
p گزارش جزئی

-n F gene_binding شدید

-o نام فایل
نام فایل خروجی (پیش‌فرض stdout است)

-p F ویژگی های جدید ژن را حذف کنید

-q خروجی فقط یک بایوسک بالا است

-r نام فایل
فایل لاگ خطای خروجی (پیش‌فرض stderr است)

-s ورودی یک ارسال Seq است

-t نمایش متن پیام پرمخاطب

-v F سرکوب پیام های خطا

-w از فرمت خروجی HTML استفاده کنید

-y فقط قالب راهنما چاپ

-z الگوریتم جدید برای نام ارگان ها

با استفاده از خدمات onworks.net از asn2ff آنلاین استفاده کنید