blastclust - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

blastclust - خوشه بندی تک پیوندی مبتنی بر امتیاز BLAST

خلاصه

blastclust [-] [-C] [-L X] [-S X] [-W N] [-a N] [-b F] [-c نام فایل] [-d نام فایل] [-e F]
[-i نام فایل] [-l نام فایل] [-o نام فایل] [-p F] [-r نام فایل] [-s نام فایل]
[-v [نام فایل]]

شرح

blastclust به طور خودکار و سیستماتیک توالی های پروتئین یا DNA را بر اساس خوشه بندی می کند
منطبقات جفتی با استفاده از الگوریتم BLAST در مورد پروتئین یا مگا BLAST یافت می شود
الگوریتم برای DNA در مورد دوم یک جستجوی Mega BLAST برای همه انجام می شود
توالی های ترکیب شده در برابر پایگاه داده ایجاد شده از همان توالی ها. blastclust پیدا می کند
جفت‌هایی از دنباله‌هایی که از نظر آماری دارای تطابق معنی‌دار هستند و با استفاده از آن‌ها را خوشه‌بندی می‌کند
خوشه بندی تک پیوندی

OPTIONS

خلاصه ای از گزینه ها در زیر آمده است.

- پیام مصرف چاپ

-C خوشه بندی ناتمام کامل

-L X آستانه پوشش طولی (پیش‌فرض = 0.9)

-S X آستانه پوشش امتیاز (امتیاز بیت / طول اگر < 3.0، درصد هویت ها
در غیر این صورت؛ پیش فرض = 1.75)

-W N از کلمات اندازه استفاده کنید N (طول بهترین تطابق کامل؛ صفر رفتار پیش‌فرض را فراخوانی می‌کند: 3
برای پروتئین ها، 32 برای نوکلئوتیدها)

-a N تعداد پردازنده‌های مورد استفاده (پیش‌فرض = 1)

-b F نیازی به پوشش هر دو همسایه نداشته باشید

-c نام فایل
گزینه های پیشرفته را از فایل پیکربندی بخوانید نام فایل

-d نام فایل
ورودی به عنوان پایگاه داده

-e F تجزیه شناسه را در قالب بندی پایگاه داده غیرفعال کنید

-i نام فایل
فایل ورودی FASTA (برنامه پایگاه داده را فرمت می کند و در پایان فایل ها را حذف می کند.
پیش فرض = stdin)

-l نام فایل
محدود کردن مجدد خوشه بندی به لیست شناسه در نام فایل

-o نام فایل
فایل خروجی برای لیست خوشه ها (پیش فرض = stdout)

-p F ورودی نوکلئوتید است نه پروتئین.

-r نام فایل
بازیابی همسایگان برای reclustering از نام فایل

-s نام فایل
همه همسایگان را ذخیره کنید نام فایل

-v [نام فایل]
چاپ پیام های پیشرفت مفصل (به نام فایل)

با استفاده از خدمات onworks.net از blastclust آنلاین استفاده کنید