این دستور bp_revtrans-motifp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
bp_revtrans-motif - یک موتیف پروتئینی شبیه Profam را به صورت معکوس ترجمه کنید
نسخه
نسخه 0.01
خلاصه
از یک فایل:
bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt
استفاده از لوله:
bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt
استفاده تعاملی در خط فرمان:
$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3،XNUMX}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}
شرح
این اسکریپت یک موتیف پروتئینی را به عنوان ورودی می گیرد و یک الیگونوکلئوتید منحط را برمی گرداند
دنباله مربوط به آن دلیل اصلی انجام این کار طراحی منحط است
آغازگرهایی که یک الگوی توالی معین را تقویت می کنند.
موتیف ورودی شامل رشته ای از باقی مانده های یک حرفی با هر یک از موارد زیر است
عناصر نحوی:
[...] : موقعیت اضافی.
موقعیتی که در آن بیش از یک باقیمانده مجاز است. مثال:
[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^
[^...] : موقعیت نفی.
موقعیتی که در آن هر گونه باقیمانده مجاز است، برای آنهایی که بین براکت ها قرار دارند ذخیره می شود. مثال:
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n،m،...} : موتیف تکراری.
موتیفی که تکرار می شود n or m بار. می تواند هر یک از نحوهای قبلی را داشته باشد
عناصر. مثال:
A[SN]C(TXX){2,4,8،XNUMX،XNUMX}
^^^
حروف مجاز آنهایی هستند که با 20 اسید آمینه طبیعی مطابقت دارند، به علاوه:
B = N + D
Z = Q + E
X = همه
OPTIONS
-i فایل ورودی:
فایلی با فهرستی از موتیف ها برای ترجمه معکوس.
-h
این پیام راهنما را نمایش دهید.
از bp_revtrans-motifp به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
