این دستور detectChimera است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
sim4dbutils - ابزارهایی برای کار با فایل های تراز ایجاد شده توسط sim4db
convertPolishes - تبدیل بین فرمت های sim4db و GFF3
filterPolishes - ترازهای فیلتر بر اساس هویت دنباله، پوشش و طول.
mergePolishes - ادغام ترازها از چندین فایل
sortPolishes - مرتب سازی ترازها بر اساس cDNA یا شاخص توالی ژنومی یا نام توالی
convertToExtent - تبدیل از فرمت sim4db به فرمت تک خطی با زبانه جدا شده
fixPolishesIID - یک فایل sim4db را برای استفاده از فهرست توالی یک فایل fasta خاص به روز می کند.
همچنین می تواند برای استخراج زیر مجموعه ای از ترازها از فایل sim4db استفاده شود.
depthOfPolishes - یک هیستوگرام جدا شده با برگه از عمق پولیش ها در موارد مختلف را خروجی می دهد.
اندازه های پنجره
headPolishes - چاپ اولین تراز N در یک فایل، شبیه به سر(1)
pickBestPolish - فقط "بهترین" تراز برای هر cDNA را گزارش کنید
pickUniquePolish - ترازهایی را گزارش می کند که بهترین تراز مشخص برای آنها وجود دارد
هر cDNA
plotCoverageVsIdentity - ایجاد (1) هیستوگرام درصد هویت، (2) a
هیستوگرام درصد پوشش، و (3) فهرست درصد هویت و پوشش (برای
استفاده در نمودار پراکندگی).
uniqPolishes - تمام ترازهای cDNA را با ترازهای متعدد (-uniq) یا
با یک تراز منفرد (-dupl). شبیه به یونیک(1)
realignPolishes - ترازهای فهرست شده در فایل sim4db را دوباره محاسبه کنید.
reportAlignmentDifferences - هیستوگرام انواع خطاها را در مجموعه ای از خطاها ایجاد می کند
ترازها پشتیبانی نشده و منسوخ
comparePolishes - همبستگی ترازها در دو فایل.
convertToAtac - از فرمت sim4db به فرمت ATAC تبدیل می کند.
detectChimera - ترازها را برای دنباله هایی که ممکن است کایمریک باشند بررسی می کند.
mappedCoverage - مقدار دنباله پرس و جو (EST، cDNA) را گزارش می دهد که توسط
ترازها
parseSNP - ترازها را برای SNP ها تجزیه و تحلیل می کند.
removeDuplicate - ورودی را برای ترازهای تکراری جستجو می کند.
vennPolishes - یک نمودار Venn برای چندین فایل sim4db ایجاد می کند. استفاده می شود داخلی by
ESTMapper پولیش تمیز
خلاصه لهستانی ها
شرح
این برنامه ها طیف وسیعی از ابزارهای کمکی برای کار با آنها هستند sim4db(1) فایل های تراز ایجاد شده.
با استفاده از خدمات onworks.net از detectChimera آنلاین استفاده کنید
