این فرمان diffseqe است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
diffseq - مقایسه و گزارش ویژگی های دو دنباله مشابه
خلاصه
diffseq - توالی دنباله -توالی دنباله -اندازه کلمه عدد صحیح
[-تفاوت های جهانی بولی] -outfile گزارش -آفت شاهکار شکست شاهکار
diffseq -کمک
شرح
diffseq یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Alignment:Differences" است.
OPTIONS
ورودی بخش
- توالی دنباله
-توالی دنباله
ضروری بخش
-اندازه کلمه عدد صحیح
مناطق مشابه بین دو دنباله با ایجاد یک جدول هش یافت می شوند
'size'd دنباله های بعدی. 10 یک پیش فرض معقول است. بزرگتر کردن این مقدار (20؟)
ممکن است سرعت برنامه را کمی افزایش دهد، اما به این معنی است که هر دو تفاوت در داخل
"اندازه کلمات" یکدیگر به عنوان یک منطقه تفاوت گروه بندی می شوند. این مقدار
ممکن است کوچکتر شود (4؟) برای بهبود وضوح تفاوت های نزدیک، اما
برنامه بسیار کندتر پیش خواهد رفت مقدار پیش فرض: 10
اضافی بخش
-تفاوت های جهانی بولی
معمولاً این برنامه مناطقی از هویت را پیدا می کند که طول آن هستند
اندازه کلمه یا بزرگتر را مشخص می کند و سپس مناطق تفاوت بین را گزارش می کند
این مناطق منطبق این به خوبی جواب می دهد و اگر باشند، بیشتر مردم آن را می خواهند
کار با توالی های اسید نوکلئیک با همپوشانی طولانی. معمولاً علاقه ای ندارید
در انتهای غیر همپوشانی این توالی ها. اگر توالی پروتئین یا کوتاه دارید
با این حال، توالی‌های RNA، در انتها به تفاوت‌ها علاقه‌مند خواهید شد. آی تی
این گزینه به صورت true تنظیم می شود سپس تفاوت های انتهایی نیز گزارش می شود.
مقدار پیش فرض: N
تولید بخش
-outfile گزارش
-آفت شاهکار
فایل برای خروجی ویژگی های سکانس اول مقدار پیش فرض: $(asequence.name).diffgff
شکست شاهکار
فایل برای خروجی ویژگی های دنباله دوم مقدار پیش فرض: $(bsequence.name).diffgff
با استفاده از خدمات onworks.net از diffseqe به صورت آنلاین استفاده کنید
