exonerate-server - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

exonerate-server - سرور مقایسه توالی برای exonerate

خلاصه

تبرئه-سرور [ گزینه های ] <فهرست مسیر>

شرح

تبرئه-سرور یک سرور چند رشته ای برای برنامه همترازی توالی تبرئه است.

از مجموعه‌ای از دنباله‌ها و یک فایل فهرست مربوطه استفاده می‌کند تا مجموعه داده‌های بزرگ را سریع کند.

بررسی اجمالی

در مرحله اول ، .esd فایل باید از فایل های دنباله ای ساخته شود. در .esd فایل Exonerate است
فایل مجموعه داده‌های دنباله‌ای، و می‌توان از آن برای گروه‌بندی هر مجموعه‌ای از دنباله‌ها که هر کدام استفاده کرد
توالی های حاوی شناسه های منحصر به فرد این کار با استفاده از fasta2esd ابزار

fasta2esd ژنوم.fasta ژنوم.esd

بعد ، .esi فایل من ساخته شود از .esd فایل. این .esi فایل یک توالی Exonerate است
فایل Index، و حاوی یک فهرست یا مجموعه ای از شاخص های مربوط به یک مجموعه داده خاص است.
این کار با استفاده از esd2esi ابزار

esd2esi ژنوم.esd genome.esi

هنگامی که .esi فایل ایجاد شده است، سرور exonerate ممکن است راه اندازی شود.

تبرئه-سرور genome.esi

در حالی که سرور در حال اجرا است، ممکن است از exonerate برای جستجو در سرور با جایگزین کردن سرور استفاده شود
دنباله های هدف در خط فرمان با نام سرور و شماره پورت. در
شماره پورت پیش فرض سرور exonerate 12886 است.

اخراج query.fasta localhost: 12886

OPTIONS

برخی از گزینه‌های خط فرمان برای exonerate-server مانند the هستند
مشتری را تبرئه کنید، و این موارد در صفحه man برای مستند شده است تبرئه کردن La
گزینه های دیگری که خاص هستند تبرئه-سرور در اینجا مستند شده اند.

--بندر
پورتی را که سرور باید به آن گوش دهد را مشخص کنید. به صورت پیش فرض، تبرئه-سرور
در پورت 12886 گوش می دهد، اما ممکن است پورت های جایگزین با این گزینه مشخص شود.

-- ورودی <فهرست فایل>
فایل فهرستی را که در هنگام راه اندازی سرور مورد استفاده قرار می گیرد، مشخص کنید. این گزینه است
اجباری فایل فهرست یک است .esi فایل تولید شده توسط esd2esi ابزار

-- پیش بارگذاری
به طور پیش فرض شاخص های موجود در .esi فایل، و توالی های اشاره شده در
مربوط به .esd هنگام راه اندازی سرور، فایل ها در حافظه بارگذاری می شوند.
این برای دستیابی به عملکرد سریع ضروری است که در غیر این صورت با مشکل مواجه می شود
دسترسی های مکرر به دیسک این گزینه به ایندکس و توالی پیش بارگذاری اجازه می دهد
خاموش است، که به سرور اجازه می دهد بسیار کندتر، اما با سرعت بیشتری کار کند
راه اندازی و حافظه کوچکتر. توصیه نمی شود که پیش بارگذاری را خاموش کنید
مگر اینکه سرور را تست یا اشکال زدایی کنید.

-- maxconnections
سرور چند رشته ای است. این گزینه تعداد پردازش های مشتری را تنظیم می کند
اجازه دارند به طور همزمان به سرور متصل شوند. برای عملکرد خوب، آن را
نباید بیش از تعداد CPU های دستگاهی که روی آن قرار دارد تنظیم شود
سرور در حال اجرا است.

-- پرحرفی
سطح پرحرفی را برای سرور تنظیم کنید. اگر صفر باشد، سرور ساکت خواهد بود،
و هر چه این عدد بیشتر باشد، پیام های بیشتری توسط سرور در مورد چه چیزی گزارش می شود
اتفاق می افتد.

رابط

این بخش رابط ارتباطی بین را مستند می کند
مشتری و سرور رابط برای افرادی که مایل به نوشتن هستند مستند شده است
سرور سفارشی خود را برای نشستن پشت exonerate - برای استفاده عادی از exonerate، آن
دانستن این امر ضروری نیست

این رابط توسط مشتری کار می کند که خطوط فرمان ساده را ارسال می کند و سرور ارسال می کند
خطوط پاسخ ساده روی یک سوکت. تمام دستورات و پاسخ ها خطوط ساده ASCII هستند
متن، بنابراین می توان از telnet به عنوان مشتری برای آزمایش سرور استفاده کرد.

هر دستوری یک خط متن است، اما یک پاسخ ممکن است حاوی خطوط متنی زیادی باشد. در
پاسخ ها به صورت :

هر پاسخی می تواند شامل خطوطی با برچسب باشد هشدار: or خطا: اینها هشدار: و خطا: برچسب ها
توسط مشتری بازتاب داده می شود و مشتری پس از دریافت هر کدام از آن خارج می شود خطا: پاسخ.

هنگامی که سرور در حال بازگشت یک پاسخ چند خطی است، خط اول باید تعداد آن را نشان دهد
خطوط در کل پاسخ به شرح زیر است: تعداد خط: برای مثال، به پاسخ‌های مربوطه مراجعه کنید دریافت کنید
hsps دستورات در جلسه مثال زیر.

کلاینت تنها یک اتصال واحد را به هر سروری باز می کند، هرچند چند رشته ای است
بدیهی است که سرور برای اجازه دادن به چندین مشتری برای اتصال همزمان مورد نیاز است.

دستورات و پاسخ ها استفاده in برای la رابط.
فرماندهی: نسخه
پاسخ: نسخه

فرماندهی: خروج
پاسخ: (بدون پاسخ - سرور اتصال را می بندد)

فرماندهی: dbinfo
پاسخ: dbinfo:

La dbinfo دستور اطلاعات مربوط به پایگاه داده بارگذاری شده روی سرور را برمی گرداند.
فیلدهای برگشتی عبارتند از:

یا DNA یا پروتئین
چه با ماسک نرم و چه بدون نقاب
تعداد دنباله ها در پایگاه داده
طول طولانی ترین دنباله در پایگاه داده
طول کل تمام دنباله های پایگاه داده

فرماندهی: مراجعه
پاسخ: جستجو:

دستور lookup برای نگاشت یک شناسه خارجی به داخلی استفاده می شود
مشخص کننده.

فرماندهی: دریافت کنید اطلاعات
پاسخ: seqinfo: [ ]

دستور get info اطلاعات مربوط به یک دنباله در پایگاه داده را برمی گرداند. در
فیلدهای برگشتی عبارتند از:

طول دنباله
یک جمع‌بندی چک با فرمت gcg (به زیر مراجعه کنید)
شناسه خارجی (به عنوان مثال از هدر fasta)
یک خط توصیف برای دنباله (همچنین از fasta
header)، این فیلد اختیاری است و ممکن است حذف شود.

فرماندهی: دریافت کنید SEQ
پاسخ: seq:

دستور get seq یک دنباله کامل را در یک خط برمی گرداند.

فرماندهی: دریافت کنید بعدی
پاسخ: subseq:

دستور get subseq بخشی از یک دنباله را برمی گرداند. شروع سکانس است
موقعیت صفر به عنوان مثال. دریافت subseq 0 0 10 10 پایه اول را برمی گرداند
توالی اول در پایگاه داده

فرماندهی: تنظیم پرس و جو
پاسخ: باشه:

دستور seq query برای ارسال یک دنباله پرس و جو به سرور استفاده می شود. آی تی
طول دنباله و جمع کنترل gcg را برمی گرداند

فرماندهی: revcomp
پاسخ: باشه: رشته

دستور revcomp query سرور را وادار می کند که پرس و جو را معکوس تکمیل کند. این
این است که پهنای باند ارسال پرس و جو را دو بار ذخیره کنید.

دستور revcomp target این است که به سرور می‌گوید پایگاه داده را به عنوان آن در نظر بگیرد
مکمل معکوس کلاینت فقط هنگام جستجوی a این دستور را ارسال می کند
پایگاه داده ترجمه شده است، بنابراین برای اکثر انواع جستجو نیازی به پیاده سازی نیست.

فرماندهی: تنظیم پارامتر
پاسخ: باشه:

دستور set parameter پارامترها را از خط فرمان exonerate به
سرور. همه این دستورات می توانند توسط مشتری برای یک اصل نادیده گرفته شوند
اجرا می شود، اما برای عملکرد بهینه نمی توان آن را نادیده گرفت.

فرماندهی: دریافت کنید hsps
پاسخ: hspset: { }
یا: hspset: خالی

دستور get hsps دستور اصلی برای گرفتن مجموعه های hsps است. سرور
ممکن است چندین hspset را برگرداند. فیلدهای برگشتی عبارتند از:

شناسه داخلی دنباله هدف برای این مجموعه های HSP.
موقعیت شروع پرس و جو hsp
موقعیت شروع هدف hsp
طول hsp

سه فیلد آخر یک HSP را نشان می‌دهند و ممکن است چندین بار روی یکی تکرار شوند
hspset: خط پاسخ

A ساده مثال مشتری سرور گفتگو
٪ telnet localhost 12886
در حال تلاش 127.0.0.1...
متصل به localhost.localdomain.
شخصیت Escape '^]' است.
% نسخه
نسخه: exonerate-server 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: dna softmasked 100000 1701 38113579
% جستجو AA159529.1
جستجو: 88065
٪ دریافت اطلاعات 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 پانکراس Stratagene (#937208) cDNA هومو ساپینس
درصد دنباله 88065 را دریافت کنید
دنباله: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCCAGTTTGGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% دریافت بعدی 88065 10 20
بعدی: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
٪ مجموعه جستجو NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
خوب: 62 2028
% hsps دریافت کنید
تعداد خطوط: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp پرس و جو
ok: query strand revcomp
% hsps دریافت کنید
تعداد خطوط: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% خروج
اتصال توسط میزبان خارجی بسته شده.

محیط زیست

هنوز مستند نشده است.

مثال ها

1. نمونه ای از ایجاد یک فهرست ترجمه شده و اجرای سریع جستجوی protein2genome با استفاده از
تبرئه-سرور

fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --translate yes human.genomic.esd
human.genomic.trans.esi تبرئه-سرور --پورت 1234 human.genomic.trans.esi اخراج
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

نسخه

این اسناد با نسخه 2.2.0 بسته exonerate همراه است.

با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از exonerate-server استفاده کنید